Re: [閒聊] 這篇paper有點油

[Nsquare (N^2)]

※ 引述《Keelungman (金坷拉是新世界的神)》之銘言：
: 這篇paper有點油，我都不看的peko
: https://i.imgur.com/RGAlfCE.jpg
: https://www.researchgate.net/publication/308271627_Application_of_Classical_Si
: mulations_for_Computation_of_Vibrational_Properties_of_Free_Molecules

此篇 Paper 是計算化學領域的文章，刊登在歐洲的期刊 PCCP 上
(physical chemistry chemical physics, 2016 Impact Factor: 4.123)
計算化學簡而言之就是用電腦模擬的方式，來提供一些實驗無法或不易觀測到的物理性質
有時候也是節省成本、找出可能的最佳實驗條件的方法，畢竟只需要計算資源和電費。

個人讀paper習慣順序為：標題－＞摘要－＞圖－＞結論
我們一起用這個結構來看看這篇文章

標題：Application of Classical Simulations for Computation of Vibrational
Properties of Free Molecules

先做個簡單的名詞解釋

Vibrational Property
振動性質，通常是在講分子振動模式，舉例來說分子吸收了特定波長紅外線後會產生特定
的振動模式，大家最常用到的微波對於水分子加熱也是如此（微波其實是讓水分子轉動）

Free Molecules
硬要翻譯就是自由的分子，指不受到其他原子作用力影響的分子，
通常是在氣態(gas phase)，李遠哲院士的交叉分子束方法中的分子即為此狀態，
可以微觀精確地研究化學反應中的分子動力機制。

舉例來說，一杯水的紅外線光譜會是在很廣的波長區間內有一大包訊號，
然而數個水分子的紅外線光譜則是在很狹窄的區間內有一尖銳訊號，
如圖：https://imgur.com/iiTrSkd（圖A:液態水vs五個水分子團）


繼續讀到 Abstract
他使用了"classical" molecular dynamics (MD) 和 Monte-Carlo (MC)
與之對照的是經過 quantum corrections 的 PI-MD, MD with QTB

好耶！太多名詞了講下去應該會沒完沒了，我們直接跳到圖四吧！

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https://i.imgur.com/RGAlfCE.jpg

Christina 代表著 S=C=S 分子的中心碳(C)原子所在位置，而揮舞的雙手代表著硫(S)原子
雙手往上下揮動代表 bending vibration，
伸直出拳的方向則代表 stretching　vibration，
是兩種不同的振動模式

而在圖中背景的位能面(potential energy surface)上紫色區域代表硫原子最適位置
即要給予足夠的動能(振動)才能跨出位能面上的低點區域。

BP86 是 Density funtional theory (DFT, 1998年諾貝爾獎) 的函數之一，
6-31G 是 Basic set, 描述電子軌域的範圍，
通常研究越多電子的原子要使用越大的Basic set

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回到 Abstract，其中講到了經過量子效應修正後的古典計算方法就能有不錯的表現
實際上看到 Table 4 也是如此，對比 MC vs MC+QA，發現 l(C-S) 和 l(S---S)
兩項 vibration 的距離經過量子效應修正都更接近實際的實驗數據(Exp.)

這也是結論要講述的概念，但這邊用了一個字 a "posteriori" quantum corrections
代表我們該選用哪一種 quantum corrections 也是得憑經驗，
沒有人一開始就知道該怎麼做，往往需要花費不少代價做前置測試，才摸索出正確的道路，
正像是鳳凰院凶真不斷地跳躍世界線，才抵達真正的結局。














Molecular Dynamic (MD):分子動力模擬，隨機方向動能後計算受力與能量，
　　　　　　　　　　　 在時間間隔選取得很小的情況下能量與結構計算才會精準

Monte-Carlo (MC):蒙地卡羅模擬，蒙地卡羅為因賭博成名的城市，
　　　　　　　　 以機率判定來決定是否移動計算位能面，適合描述低點

DFT:1964年由 Walter Kohn 和 Pierre Claude Hohenberg
    發現電子密度和能量(結構)有一對一的函數關係

題外話，李遠哲之父為李澤藩，最近他的部分畫作在《不朽的青春》北師美術館展出
展覽免費但只到這周日，歡迎大家有空去看！

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推 Ttei: 原來如此peko
推 mameshibu: 沒錯我也是這麼認為的
推 aaa5118: 你不要這麼專業好不好
推 qpb852qpb742: 嗯 跟我想的差不多
推 bobby4755: 雖然看不懂 但還蠻意外助手是有代表東西的 XD
推 wadechen666: 恩 原來如此 我知道了peko
推 fragmentwing: 所以你覺得這篇有什麼意義（聽說評委很愛問這個）
→ fragmentwing: 而且這篇結論被問這種問題的機率應該又高了不少
不要拿當年被問的問題荼毒別人阿XD
這篇的貢獻其實是他教你用簡單省錢的方法做出不錯的結果
當年CCSD和MP2這種精確但貴的方法一跑就是一兩個月起跳，
用他的方法可能花一天計算結果就出來了
推 arrenwu: 至少我知道計算化學是研究如何設計好的模擬系統來減少
推 Bansar: 嗯嗯 跟我想的一樣
→ arrenwu: 需要做的實驗了
→ morichi: 這份研究的貢獻是什麼peko
→ arrenwu: 只是這篇涉及微觀世界的成分太高 我就看不是很懂了
→ morichi: 這份研究的問題為什麼重要peko
推 qqq3892005: 嗯嗯跟我想的一樣
→ morichi: 我被問的問題4這樣
推 arrenwu: 貢獻跟為什麼重要其實算是同一個問題吧XD
噓 IllMOR: 紅明顯，這張圖是真的嗎，怎麼就直接登上去沒被擋下來
推 hong1310: 說中文==
→ arrenwu: @I11MOR https://bit.ly/2MWoKeC 真的啊 連結在這
→ IllMOR: 然後就算是真的caption也應該要寫清楚圖代表什麼意思?
→ IllMOR: researchgate上面的pdf應該是別人上傳的?
→ IllMOR: 出版社官網沒學術IP不給下載QQ
我用學術網路載下來看也是的同樣的圖喔peko
推 JOHN9814: 推peko
推 morichi: 差別就 強調成果和強調目的吧 老闆滿在意這個的Q.Q
推 arrenwu: 我了解妳說的意思了。但我用Google Scholar 找到的也是
→ arrenwu: 連結到ResearchGate的那個
推 fragmentwing: 某個網站上有 但我想我沒法在ptt上透漏是哪個網站
→ fragmentwing: 雖然我支持那網站理念不過目前那好像也算盜版
推 wadechen666: s開頭的那個？
→ fragmentwing: 我最多只能說 它和某知名成人網站名稱很像
→ fragmentwing: 恩恩
推 abadjoke: 我比較好奇他中間放的圖reviewer問的時候他是怎麼回的
推 IllMOR: 4-10不管這個吧@@"
推 arrenwu: 回說是個 Cartoon Character就好了吧
→ fragmentwing: 好像也對 反正在八卦都能直接講的樣子
推 webberfun: https://i.imgur.com/T4uqldS.jpg
→ smart0eddie: 左轉
推 fragmentwing: 痾 IllMOR大不會還在找那個網站吧 scihub
推 r901700216: 嗯嗯差不多就是這樣講得很不錯嘛peko
推 LeeJing: 啥~小~啦~ 要不要吃~哈~蜜瓜
推 klaynaruto: 某網站 有在讀paper的應該多少都知道吧 公開的秘密
推 arrenwu: 我之前的學校什麼鳥但期刊都有買，所以不知道妳們在講啥
→ arrenwu: 網站XDDD
推 fragmentwing: 那網站某種意義上比Google 還好用
推 mayolane: 幸好我大致上還看得懂，化學系沒白念
推 inte629l: basis set是描述電子群波函數的數學基底嗎? 我只知道光
→ inte629l: 是氫原子就要用上奇奇怪怪的特殊函數了XD
→ mayolane: 氫原子是單電子系統所以沒長那麼奇怪啦
推 IllMOR: F大，其實我知道這個網站啦，但他資源應該也是別人上傳的?
→ IllMOR: 倒是researchgate顯示那張圖是來自作者本人...
放心啦我從PCCP官網上抓下來的paper圖也是這張，太油了peko
推 smart0eddie: 不一定 有些作者自己會公開
推 fragmentwing: 可能覺得原本的一片白很空吧
※ 編輯: Nsquare (140.112.150.229 臺灣), 01/15/2021 02:49:02
推 lyt5566: 我來錯版了嗎peko
→ Nsquare: inte大，沒錯唷，和用來描述的函數以及函數數目有關
推 AdomiZA: 總之這跟In silico從DB撈資料再餵演算法爆開得解差不多
推 AbukumaKai: 原來如此我懂了peko
推 GGINDOWBOW: 是的 peko 我也是這麼想的
推 mmsw: 沒看文章想問一下這篇是用 ab initio 算的嗎
一開始的 CCSD 和 MP2 方法都算 ab initio 喔！
推 Everforest: 油油
→ rainxo6p: 嗯這裡是C洽沒錯 沒有…迷路？
推 smallkaka: 姆咪
推 aegis91086: 感謝論文說明
推 tsai1453: 可能從referee到editor都很油吧哈哈
推 nalthax: 哈哈哈哈
推 marktak: 好的凶真 Magical divine starlight breaker.
推 max410286: 恩 跟我想的差不多peko
→ yeswecannot: 以後量子電腦出來 超強計算能力直接ab initio硬解
→ yeswecannot: 現在還不是計算化學的黃金年代 定位有點尷尬
我也在等那一天，但其實我已經轉跳去其他產業了XD
針對量子電腦的演算法改寫應該是另一件完全不同的事情就是了
目前也沒有什麼量子電腦的資源能讓群眾開發
推 arrenwu: ab initio那作法確定用量子電腦做比較快了嗎？
推 nickely: 原來如此peko
推 owlman: 我比較好奇用了角色要不要列在reference
推 naya7415963: ptt是學術論壇(驚覺
推 Alcatraz666: 嗯嗯 跟我想的一樣
推 asderavo: 嗯嗯，那我是完全懂了peko
推 felixden: 看不懂啦
推 ceaher: 原來如此peko
推 cities516: 嗯 原來如此
推 CorkiN: 嗯嗯原來如此peko
推 DMW9527: 哦哦哦peko
推 hduek153: 跟我看的差不多peko
推 wj12240522: Sci-h.........
推 bestteam: 李澤藩美術館免費參觀啊
原來如此，我最愛當免費仔了peko
推 joewang85: 原來是這樣阿peko
推 teachjinjin: 助手我老婆
推 miname: 版權沒問題啦，我不相信你各位論文用lena圖的有playboy授
→ miname: 權
推 gungunit: 不用考試的數理總是看起來特別有趣
年輕時曾經把電腦想像成魔鏡，覺得未來有一天電腦一定能回答所有人類想問的問題
→ JamesChen: 這沒有版權問題？
→ JamesChen: 那我以後也來用
推 arrenwu: 我是覺得reviewer沒要求他換個比較簡單的圖挺妙的
推 AlianF: 至少我會願意讀 我書報每天都是IR 頻譜分析QQ
推 qqqaz9527tw: 恩我也是這樣覺得
→ SeijyaKijin: El Psy Congroo
El Psy Congroo!
推 henry4204aaa: 太好了不需要IBN5100也能計算了
推 Arctica: 就說西恰一定行
推 gutalic: 點數挺高的
推 rayisgreat: 靠 這paper給過真的鰻猛的
如果是我老闆一定先罵我一頓然後叫我換圖XDDDD
→ sochensun92h: 沒錯啊 跟我想的差不多
推 SacrificesPi: 好 你下次meeting再報一次
推 NicoNeco: 這一切都是stein gate的陰謀
推 sillymon: 我逐漸理解一切peko
推 aha8877: 恩恩原來如此，供三小
※ 編輯: Nsquare (123.194.179.237 臺灣), 01/15/2021 19:58:19
推 newest: https://i.imgur.com/T4uqldS.jpg