1.鋼琴奏鳴曲『月光』殺人事件-1小時SP(第11話)
2.霧天狗傳說殺人事件-1小時SP(第52話)
3.柯南對怪盜基德-1小時SP(第76話)
4.走投無路的名偵探﹗連續2大殺人事件-2小時SP(第96話)
5.浪花連續殺人事件-1小時SP(第118話)
6.來自黑暗組織的女子-2小時SP(第129話)
7.空中密室 新一的初次登場-1小時SP(第162話)
8.20年的殺意.新佛尼號連續殺人事件-2小時SP(第174話)
9.詛咒的假面在冷笑-1小時SP(第184話)[動畫原創]
10.通向迷宮的入口.巨大神像的憤怒-1小時SP(第208話)
11.工藤新一VS怪盜基德-2小時SP(第219話)
12.大阪雙重迷團─浪花劍士與太閣之城-2小時SP(第263話)
13.震動的警視廳-1200萬人質-2小時SP(第304話)
14.豪斯登堡的新娘-1小時SP(第342話)[動畫原創]
15.與黑色組織正面對決 滿月之夜的二元推理-2小時SP(第345話)
16.怪盜基德的奇異空中漫步-1小時SP(第356話)
17.來自甲子園的惡魔的挑戰-2小時SP(第383話)
18.黑色衝擊！黑衣組織伸出魔爪的瞬間-2小時半SP(第425話)
19.本廳刑事戀愛物語8-假扮的婚禮-1小時SP(第449話)
20.金毘羅神像的怪人-1小時SP(第452話)
21.海之日 和服部平次一起的3天-2小時SP(第479話)
22.數碼清晰版 然後，人魚消失了-1小時SP
23.法庭的對決III 目擊者是檢察官-1小時SP(第489話)
24.服部平次VS工藤新一 滑雪場的推理對決-1小時SP(第490話)

以下為日文對照

第11話 ピアノソナタ「月光」殺人事件 96/4/8放送－60分スペシャル－
第52話 霧天狗伝說殺人事件 97/3/17放送－60分スペシャル－
第76話 コナンVS怪盜キッド 97/9/22放送－60分スペシャル－
第96話 追いつめられた名探偵！　連續２大殺人事件 98/3/23放送-２時間スペシャル-
第129話 黑の組織から來た女　大學教授殺人事件 99/1/4放送-２時間スペシャル-
第162話 空飛ぶ密室　工藤新一最初の事件 99/9/27放送-60分スペシャル-
第174話 二十年目の殺意 シンフォニー號連續殺人事件 00/1/3放送-２時間スペシャル-
第184話 咒いの假面は冷たく笑う 00/3/13放送-60分スペシャル-
第208話 迷宮への入り口?巨大神像の怒り 00/10/9放送-60分スペシャル-
第219話 集められた名探偵！工藤 新一VS怪盜キッド 01/1/8放送-２時間スペシャル-
第263話 大阪ダブルミステリー 浪花劍士と太閤の城 02/1/7放送-２時間スペシャル-
第304話 搖れる警視廳 １２００万人の人質 03/1/6放送-２時間スペシャル-