本文原是余氏在台大歷史研究所的一篇講稿，後整理成文。文中不滿以往對清代學術傳承的解釋，余氏認為論者均過重外在環境對思想之刺激，而忽略思想者本身自有其脈絡。
余氏以為思想史乃一有機體，清代學術思想之動靜，實欲解決宋明儒學之內在問題，清代鳥獸之學興起並不意味著思想之衰落，而乃解決思想問題的一個新方法。由朱、陸至陽明，皆以為窮聖人之意，而得其道焉。然眾家分立，學說蕪雜，故近人欲得大旨，必探其本心，故有清一代，考證之學興。
想要探究宋、清學術的關係，應該先對理學的內涵作一個檢討。就余氏的說法，理學是有一條傳承的主流路線的，「尊德性」是也。然而理學傳至明代，陽明一派大興，關於知識的討論，也就是「道問學」的問題，就顯明出來了。而「德性之知」、「聞見之知」，變成了一項討論的重點。可是空談心性並不足以解決這個問題，於是晚明考證之學漸漸抬頭。
余氏以為自明以降清，儒家是朝知識主義的方向發展。可是儒家的思想本質也產生一些新變化，從「內聖」的道德本體，轉為「外王」的政治社會體制。由此，儒者們又注意到「用」的問題，當談「用」談到極致，變產生了反智識的思想，顏、李學派，雖講經世致用，然不出儒家圈子，故窮守舊，終止消歇，而淹沒於清代考證之中。此乃智識主義所盛而引之者也，後有清初三大儒顧亭林、黃梨洲、王船山等，咸認智識與思想探考不可分，故欲明道必先究經，以致清儒競入於考證，紛紛如是，或可說是對王學末流反智論的一種反動。
余氏以為清初亭林已提「經學即理學」的說法，而清初許多學者的工作成果，更給了這一個理論強而有力的支持。如閻若璩的「古文尚書疏證」便是最好的例子。而清代的學術主要還是在「道問學」的智識主義上打轉，從智識主義的基礎上，清代的學者隊傳統的許多觀念提出辨正和新闡述，戴震即為一例。
尋此脈絡，便知理學並未亡佚，不過漸轉向經史考證之中而已。余氏此文在證明思想史自有其「內在理路」，這是重新檢驗思想史一個需要考量的地方，也是解釋清代思想史源流所不能忽略的。
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