一般具有同型孢子的蕨類植物其單一配子體發育成熟後，便會發
育產生「藏精器」（產生精子）和「藏卵器」（產生卵），例如
鳳尾蕨、鱗毛蕨等；而有些具有異型孢子蕨類的配子體則已分化
為雄配子體與雌配子體，藏精器與藏卵器分別在不同的配子體上
，例如大部分的水生蕨類水韭、槐葉蘋、南國田字草等。

精子大都憑藉著水游泳進入藏卵器，與卵結合成受精卵，受精卵
會留在藏卵器中繼續發育成胚胎，逐漸形成新的孢子體。這些新
生的孢子體將會生長、成熟，再產生孢子，繼續繁衍下一代，於
是蕨類植物的世代交替就此循環不息。

由於蕨類植物的授精作用需憑藉水才能完成，因此配子體大都長
在潮濕之處，加上它們的個頭又小，想要發現它們可得特別用心
。

除了世代交替，另有少部分蕨類有特殊的繁殖方式─無配生殖與
無孢生殖。「無配生殖」是指蕨類植物由孢子發育為原葉體後，
直接在原葉體產生芽點，發育成孢子體，沒有經過授精作用。
　
「無孢生殖」則是蕨類植物直接於孢子體上產生原葉體。至於為
什麼或什麼時候蕨類植物會有無配生殖或無孢生殖的現象發生，
一般猜測可能因為環境惡劣（如寒冷、缺水等），真正的原因還
有待查證。