紅樹林的物質循環是屬於開放性的，無機物流入，然後成為有機物流出。
之間的控制因素是每天的潮汐作用，河川上游的流量及降雨量等等的物理因子。
另外還有落葉、枯葉分解、礦物養分離子的吸收和動物相活動等生物因子。外
來的輸入物質來自上游河川的沖刷和降雨時的物質，而內在礦物養分離子則來
自紅樹林泥土內呼吸作用時將枯葉分解而產生的養分離子。動物的活動乃加速
了物質的輸送和循環的速率。
水是推動紅樹林內物質循環的主要力量，紅樹林的土壤表面可以將循環潮
水中的養分固定住。紅樹林的生長是依賴外來養分的輸入，藉著生物因子的作
用將必要的元素攝取以維持紅樹林的正常功能。植物再將這些礦物質轉變成有
機物，經落葉及被動物消化的結果以繼續礦物化的循環。簡單的說，紅樹林的
物質循環就是：吸取河川上游輸入的無機養分，在植物體內造成有機養分後，
再經落葉及分解作用將有機質輸出海中。
當潮水進入紅樹林後，pH值、導電度、鹽度、容養量均降低；而含氮、含
磷化合物的量則增加。在紅樹林內，能量與物質運行有五個途徑：
(1) 初級生產作用。
(2) 地上部呼吸作用。
(3) 泥濘土內呼吸作用。
(4) 礦物養分的再吸收。
(5) 有機物向鄰近生態係輸出。
紅樹林的功能：
(1) 維持河口區次階生產力，提高魚獲量。
(2) 減低河川重金屬污染對海洋生態的傷害。
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