第 一 集：イッシュ地方へ! ゼクロムの影!!
第 二 集：アイリスとキバゴ!
第 三 集：ミジュマル!メグロコ! 危機一髪!!
第 四 集：バトルクラブ! 謎のポケモン現る!!
第 五 集：サンヨウジム! VSバオップ、ヒヤップ、ヤナップ!!
第 六 集：夢の跡地! ムンナとムシャーナ!!
第 七 集：ツタージャ・ゲットでメロメロ!?
第 八 集：ダルマッカとヒヒダルマ! 時計塔の秘密!!
第 九 集：暴走ペンドラー! キバゴを救え!!
第 十 集：ライバルバトル！強敵プルリル！
第十一集：イシズマイ！自分の家をとりもどせ！！
第十二集：ヤブクロン戦隊と秘密基地！？
第十三集：チラーミィはきれいずき！？
第十四集：シッポウシティ！博物館で大冒険！！
第十五集：シッポウジム戦！VSジムリーダー・アロエ！！
第十六集：再戦シッポウジム！新技炸裂！！
第十七集：タマゴからかえったあばれん坊
第十八集：ヤグルマの森！クルミルとアーティ！！
第十九集：ソムリエ対決！イシズマイVSフタチマル！！
第二十集：ピカチュウVSメグロコVSコアルヒー！！
第二一集：スカイアローブリッジとゴチルゼル！
第二二集：ヒウンシティ！フシデパニック！！
第二三集：ヒウンジム戦！純情ハートの虫ポケモンバトル！
第二四集：かわいい顔に要注意！エモンガでシビレビレ！！
第二五集：エモンガＶＳツタージャ！ボルトチェンジで大混乱！！
第二六集：ヒトモシ屋敷のこわ～いお話！
第二七集：ドラゴンマスターへの道！キバゴVSクリムガン！！
第二八集：消えたホタチ！ミジュマル最大の危機！！
第二九集：恋するモンメンは風に乗って！
第三十集：リグレーと未確認飛行物体！
第三一集：ライバルバトル！バニプッチ、ドッコラー参戦！！
第三二集：ガマガル、マッギョ！水辺の戦い！！
第三三集：ドラゴンバスター登場！アイリスとドリュウズ！！
第三四集：ダンゴロ！ラスターカノン発射せよ！！
第三五集：ソムリエ探偵デント！タブンネ失踪事件！！
第三六集：化石復活！古代怪鳥アーケオス！！
第三七集：釣りソムリエ・デント登場！！
第三八集：ゾロア・ザ・ムービー！ポケモンナイトの伝説！！
第三九集：全員集合！ドンバトル！！
第四十集：熱闘ドンバトル！ツタージャＶＳコマタナ！！
第四一集：白熱ドンバトル！エモンガVSダゲキ！！
第四二集：決戦ドンバトル！サトシ対アイリス！！
第四三集：ニャゴシエーター・ニャース！ズルズキン説得作戦！！
第四四集：チョロネコに御用心！ニャースとミジュマル！！
第四五集：オーベムとダブランと夢泥棒！
第四六集：ニャゴシエーター・ニャース！ツンベアーの森を突破せよ！！
第四七集：激走！！バトルサブウェイ！！（前編）
第四八集：激走！！バトルサブウェイ！！（後編）
第四九集：ジムリーダーはカリスマモデル！カミツレ登場！！
第五十集：ライモンジム！華麗なる電撃バトル！！
第五一集：サトシ、デントVSサブウェイマスター！
第五二集：サトシVSチャンピオン・アデク！
第五三集：アイリスとモノズ！育てや修行！！
第五四集：怪傑ア☆ギルダーVSフリージ男 ！