在一個新月高掛的夜晚中，一位少年被一場惡夢所驚醒。
當他回過神時，兩枝插在筆筒中的羽毛閃爍著異樣的光芒，
少年瞬間被兩道巨大的光所包圍。
一位男子在光的盡頭喃喃自語的說：
「十六年了，傳承的意志驅動命運的齒輪，
劃過天際的虹與撼動世間的神將隨著遠古的聖靈……」
男子說到一半就消失在光的盡頭。
「遠古的聖靈……」這句話不斷在少年耳邊徘徊。
第一章 起始
凱那市是一個海港型都市。
到了冬天，氣溫最低會降到十度左右，
因此，以往到了冬季，街上總是人煙稀少。
但自從戰鬥公園設立在此後，即使是嚴寒的冬季，
公園也總是充滿了人群。對全市的人而言，那裡就是最富熱情之處。
故事發生在一個嚴寒的冬天，戰鬥公園裡和平常一樣充滿了人群，
每個人都熱衷於戰鬥。而在二號戰鬥場上，
正舉行著凱那中學和海炫中學的友誼賽。
凱那中學的一號選手派出了傲骨燕，而海炫中學派出了毒薔薇。
在屬性上，海炫中學明顯的不利，但海炫的毒薔薇卻也訓練有素，
一次次的閃躲過傲骨燕的攻擊！
這場戰鬥已經持續了三分多鐘，凱那中學的觀眾席發出如雷貫耳的加油聲，
但凱那中學二年級的學生肯特卻只冷冷的注視著戰鬥場，
顯得有些不愉快。
肯特的好友席?興高采烈的向肯特說：
「這次運氣真好，一開始就佔了上風，看來這次是贏定了！」
肯特皺著眉頭說：「我覺得那隻毒薔薇……很強！
他不斷引誘傲骨燕發動近身攻擊，只怕傲骨燕會中毒，
到時候傲骨燕就輸了！」
肯特才說完沒多久，傲骨燕的「翅膀攻擊」就擊中毒薔薇！
當凱那中學的眾人正在歡呼之際，傲骨燕突然落到地面，
看起來非常痛苦。很顯然的，他是中了毒！
毒薔薇趁此空檔使用「毒液炸彈」擊中傲骨燕，
傲骨燕因體力不支而倒地，裁判因此判定第一場比賽由海炫中學獲勝！
在一片歡呼聲中，肯特起身向出口走去，
席德問道：「還有兩場比賽，你不再看會兒嗎？」
肯特陪笑道：「抱歉！今天有點事！等會將比賽結果寄給我好嗎？」
「今天是……喔！好吧！別忘了明天的午餐！你請客呀！」
肯特苦笑道：「好！一言為定！」
說完後，肯特便走向出口。肯特出了公園後快步跑向家的方向，
而戰鬥場上第二場比賽正準備開始。
在凱那市，神奇寶貝非常風行，
在街上處處看得見神奇寶貝和訓練家融洽的相處，
但是肯特身邊卻沒有任何神奇寶貝！
肯特獨自一人跑向車站，和滿街的訓練師顯得格格不入。
回到空無一人的家中後，肯特走向廚房開始準備豐盛的晚餐。
自從父親失蹤後家中的伙食就一直由他打理。
肯特的父親原本是凱那海洋館的館長，
他熱愛神奇寶貝，致力於神奇寶貝古文明的研究。
但卻在一次意外中，失去了音訊。
從此以後，海洋館的經營重擔就全落在肯特的母親身上。
為了減輕母親的負擔，肯特開始幫忙家務，
久而久之，家中的雜務便由肯特負責。
不同於凱那市的其他家庭，肯特家中並沒有飼養任何的神奇寶貝，
因此在母親下班前，家中總是空蕩蕩的。
今天對肯特家而言是一個特別的日子，因此今晚的晚餐非常豐盛！
肯特完成這頓豐盛的晚餐後便坐在飯廳等待母親歸來。
他順手打開電視並拿起神奇領航員，
一邊看著席德剛傳來的電子郵件，一邊心想母親差不多該到家了。
但不久後，新聞報導的頭條事件卻讓他大為震驚！
他立刻拿起神奇領航員向外奔馳，留下整桌的料理和未關的電視。
只聽到電視中的記者重覆著剛才的頭條：
「凱那海洋館於今日下午5:44 遭不明集團闖入，
歹徒挾持了館長並搶走珍貴文物，目前下落不明。警方正……」
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