本故事應劃分成兩個時空背景--女主角阿籬是生在20世紀的一個高中美少女，
而男主角犬夜叉則是生於日本戰國時代，完全型妖怪與人類女子生下的半妖。
故事的另一個女配角--桔梗，與犬夜叉同屬一個背景。
還有一個重要的無生物--四魂之玉，是能夠具有強大法力，
可邪可正的一項物品，整個故事就是繞著它跑。

桔梗是一個聖潔的女巫兼鬥士，心地極為善良。
原是與犬夜叉相愛的一樣男女，但是卻被一個名為"奈洛"的妖怪挑撥離間，
桔梗誤以為犬夜叉想要獨占四魂之玉以實行邪惡的事，造成兩人反目互相殺害。
桔梗最後是不敵犬夜叉而被殺，卻在最後一口氣之前封印了犬夜叉於一顆樹上。
並且桔梗帶著四魂之玉和棺木一起被火化。
投胎後，到了二十世紀的今天，就是阿籬。

阿籬則是在偶然的機緣之下，被妖怪帶入一口枯井的時光隧道，進入了戰國時代，
而且是到了桔梗死後五十年的時間。
更奇妙的事，四魂之玉從阿籬的體內掉出，證明了她前世就是桔梗。

阿籬先解除了犬夜叉的封印，而事後四魂之玉卻不甚被箭射碎，
掉落於戰國時代的各處，也使許多妖怪獲得四魂碎片而功力大增。
阿籬只好和犬夜叉一起出發各地剷除邪惡的妖怪並撿回碎片。
而另一方面，奈洛也在各地傷害無辜者，實現自我壯大的野心。
在收妖的旅途中，阿籬與犬夜叉結識了力量薄弱的妖狐七寶、
好色卻法力高強的瀰勒法師、珊瑚女鬥士等家庭破碎之人。
幾位正義之士就一起出發降妖收玉。

在這期間，他們不時遇到奈洛的阻撓，也常遇到被奈洛迫害之人，
無奈卻怎麼樣也無法制服這個大魔王。
也因此他們的路走的很艱辛。

到底他們能不能成功收服妖怪，撿回所有四魂碎片呢？

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對了這個故事裡還有一個超人氣角色--殺生丸，
殺生丸是犬夜叉同父異母的哥哥，百分之百妖怪血統。
表現冷酷，向來瞧不起人類這種生物。
殺生丸因為曾被奈洛耍過，所以想要親手解決奈洛。
他唯一的心願，就是繼承父親遺留下來的刀，成為有資格使用這些妖刀的上等妖怪。