1，結局：
a. Trinity 陣亡（因為飛船墜毀）
b. Neo 被 Smith 同化，心神喪失
c. Smith 中計去同化 Neo，結果被 reload
d. 母體之父仍統治 Matrix，但是同意不會再主動攻擊錫安
2，劇情討論：
a. 祭司的計謀
從全劇描述看來，可推知由於母體之父對人類有強烈敵意，故
祭司故意讓 Smith 同化，使得 Smith 的力量爆增，足以控制
消滅所有的機器族群，在此情況下逼得母體之父不得不和 Neo
談判。而 Neo 其實應是用苦肉計和 Smith 假打，使得 Smith
上當去同化 Neo 而被 reload。
事實上祭司這個計謀非常危險，只要有一個部分出錯（例如飛
船未能抵達機器城），人類和機器族就會一起完蛋；所以母體
之父才會稱之為危險的「遊戲」。然而祭司也賭贏了，換得人
類文明再起的機會。
b. Neo
Neo 由於和母體之父接觸，所以體會到了利用腦電波控制機器
軍。後來他的眼睛受重傷，但是他的視覺神經仍可藉由電波的
反射來看到外界的物體。在最後母體之父把 Neo 運走的時候，
畫面突然轉換成 Neo 所見的樣子，似乎意味著 Neo 的意識仍
在運作；而祭司也說會再見到 Neo，若是 Neo 的意識被救回
來，那豈不就是 Matrix 系列的續作？
c. 未來
預告片中的藍天白雲是 Neo 的飛船為了突圍，所以衝到烏雲
層上方再俯衝入機器城，因此地球的環境仍是未變。此外錫安
城未來若是逐漸強盛，是否會想要攻打機器族群「收復失土」？
難怪母體之父譏諷祭司的舉動了。不過，一部電影本就不可能
交代無限的劇情，而本片至少點明了人類終將再起，人類和
機器也獲得了共存的機會；未來仍是充滿希望的。
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