巨結腸的手術方式是切除全部或部分的結腸
除非萬不得已，最好不要切除全部的結腸
因為如此一來會切除迴盲瓣（一種位於小腸和大腸之間的結構）
會造成消化系統內菌叢的改變
臨床上常切除絕大部分的結腸(subtotal，約95%)
如此一來復發的機會較低
也可以嘗試切除較少部分的結腸，不過偶爾會因為切除不足而必須
再做一次手術切除多一些
至於切除多少，取決於貓咪結腸的狀況及飼主意見(例如飼主無法接受進行第二次手術）
切除完之後，可能會有一段時間拉肚子(不見得每隻貓都會）
之後往往會逐漸恢復正常
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