現在大眾看到生物科技及基因工程的研發成果
，表面上看起來成就非凡，但就在生物科學界不斷讚揚其成功之際，只是更加突顯了科學界對基因工程掌握的不精確性及生物界的不可測性。基因工程可能改變食品既有營養成份或增加過敏原、毒素，長期食用對於人類健康的影響，仍是未知數。包括是否導致人體本來的吸收功能遭受破壞，改變荷爾蒙正常分泌，增加基因突變的機率，或改變代謝途徑，產生食物過敏或免疫系統被破壞的疑慮。事實上，過敏症狀雖是最為常見的一種疾病，但也是醫界至今最難應付的後遺症，人們擔心基因改造可能製造出無法預測的異種或新病毒、病源，引發在未來疾病診斷治療上的困難度，
然而這卻不是短期安全性評估所能預見的。
1.新過敏原的產生
每一種過敏體質的人，對過敏原都不太相同，有些看似平常的物質，但是對某一過敏體質的人，就會成為過敏原。蛋白質是許多過敏體質人的過敏原，基改食品經由DNA重組技術會改變甚至創造出新的蛋白質。由於科學家至今尚無法預測，某一種特定的蛋白質，是不是某一種過敏反應的過敏原，因此如果沒有適當標示，可能會產生誤食，這將對人類健康造成重大的威脅。早在1996年，一家名為Pioneer Hi-Bred international公司，引進了巴西堅果基因，發展一種基因改造的黃豆。實驗結果證實了，某些對巴西堅果敏過的人，同樣也對這種基改大豆有相同的過敏反應。
2.標示基因的風險
基因改造工程使用耐抗生素基因，做為標示基因，使得科學家擔心，如果因此而使得耐抗生素基因轉移到人體內，可能會使在人體內臟中的細菌，產生耐抗生素的特性，雖然這一項假說還沒有完全獲得科學的證實，但是也沒有被排除。有鑑於此，抗生素基因的存在亦具有危害健康的潛在風險。
3.新毒性的形成
由於在進行基因工程，插入的DNA可能在新的品種中重組並重新排列，科學家也無法去證實究竟是單一基因或是多數基因進入新的戴體中，因此可能會產有毒性的副產品或衍生物的疑慮。 科學家至今未能找出所有致過敏的物質及相關基因的DNA排列， 因此安全性測試只能確定產品是否含已知的致敏原物質，而且風險評估不應限於己知的成分假設與傳統食品「實質等同」，而不做對人及環境的長遠性風險評估
資料來源：
n Friends of the earth（U.S.） http://www.foe.org/camps/comm/safefood/gefood/factsheets/healthriskfacts.html）
n 蘇遠志（2000），基因食物面面觀。
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