Re: [新聞] 研究造假 一句「資料丟了」就卸責？

[ggg12345 (ggg)]

※ 引述《tainanuser (南南南)》之銘言：
: 一個重大突破性發展的研究，是出自於某一個不知名的實驗室，並非學術界所熟知的大
: 學，或者是政府或法人的研究單位，僅出自於個人所主持的實驗室。等到要調查時，實
: 驗室如哈利波特的消失密室，消失無蹤外。主筆者對於設備也說不出個所以然來，僅知
: 道實驗的電腦品牌，簡直是荒謬到了極點。試問一個領域的專家，對於某個實驗室有這
: 樣的能力，又有機會進去合作時，不會感到好奇與評估？甚至於對於其理論機制不會有
: 所疑問與質疑？就全然相信這個實驗室的所有數據？萬一就如同餿水油事件一般，以為
: 這些數據都是天然無毒的？
舉一個例子, 就是原子彈與氫彈, 從來就沒有那個國家公布細節.
尤其是經由分裂反應促成核融合反應的機械機構體設計那部份.
氫彈一爆非常容易證明, 但如果原理機構不對, 改變或加大材料時卻又變成了分裂部份
是爆了但融合部份變成了啞彈, 可結果也是爆了, 就是反應的當量不如預期.
這種狀況會被批評為"造假"嗎? 就工程言, 這是規劃設計不良, 無法確保成功率.

: : ---------------------------------------------------------------------------
: : http://udn.com/NEWS/OPINION/X1/9067418.shtml
: : 研究造假 一句「資料丟了」就卸責？
: : 依據黃教授及其共同作者的說法，他們的研究是經由一位Steve先生的中介，在台南關廟
: : 某貨櫃屋實驗室所做。如今Steve其人不知去向、貨櫃屋不知所蹤、實驗器材難以尋覓、
: : 實驗室記錄散迭、而共同作者因為當初簽了保密協定，所以現在不願透露實驗細節。坦白
: : 說，前述每一項都令我們覺得不可思議。但是更令我們震驚的是，科技部似乎因為「證據
: : 不足」只打算給予書面告誡，而交大校長要外界不要未審先判，要等待科技部與「自然奈
: : 米」期刊的回函。
: : 科學（science）是什麼？這應該是所有自認為是科學家的人最最基本的常識。大哲學家
: : Karl Popper有以下經典的描述：科學家提出的是「可以被證明為偽的假說（
: : falsifiable hypotheses)」。科學家之所以要做詳細的實驗室記錄、要在論文中仔細交
: : 代每一步細節，就是要讓「別人」得以檢驗重複，或是讓別人能挑戰、證明其假說中的瑕
: : 疵。因此，所有的科學研究者有提出實驗細節的義務；這裡的舉證責任在研究者，而不在
: : 質疑者。如果要求質疑者提出某研究「造假」的證據，那麼天底下沒有一樁研究造假案能
: : 夠成立。每位當事人都只要說「資料丟了、電腦壞了、助理跑了、過程忘了」就能卸責，
: : 那麼其假說是永遠無法「被證明為偽的」，這還叫科學嗎？台灣科學界若接受這種遁辭做
: : 為有說服力的證據，這是荒唐透頂的邏輯。
如果去細看那個論文, 她的檢測單位是 PA(Pico Amp), 所以提到防外部幅射的電磁干擾
必須考慮, 連探針導線都希望是超導(應該是置於低溫). 就專利申請的裝置來看,這專利
只談使用Y型的抗體蛋白質, 兩端經金絲接源極汲極, 另一端則是在抗體的另一Y端參考
已知論文裝了CdSe的光電開關. 她的神奇處是讓接在源汲Y型抗體兩端的分離的催化酶(可
以獲得雷射光脈波去觸動 註:文中未說明光電開關在此實驗的用途, 推斷應該只能用於
偵測 Y型抗體的兩端是否與源汲接觸良好?)在注入 dNTPs 之後啟動AGCT的合成作用(這部
份沒圖解但有相關說明), 從而從源汲級得出AGCT對應的電流波形加以分辨. 在注入後經
過約半小時的快速雜亂後, 才產生較高且有規則可分辨的AGCT波形.

她的難題當然是 PA 電流的量測, 也就是那個有隔離電磁波的鐵皮屋及量測設備.
Steve 跟 G. Steven Huang 這兩者太相近. 簡單說就是黃教授存心不肯講出細節.
整個作用就是"要經費". 倒過來說, 就是科技部給個計劃小錢, 就想要讓此研究成果完
全公開, 在台灣目前這種貧富差距如此大的地方, 實在是要好好檢討!

能做單個蛋白質電晶體, 當然就能用IC CAD做出像光電倍增管那樣的2**12級的放大器
出來避免那個煩人的PA電流. 只是這個公開就如同氫彈融合裝置一但公開, 裂爆如何
擠壓的機構圖形, 那就是說穿不值一毛錢了.

論文中光電開關如何讓分離酶獲得協助反應的能量啟動或禁止是個值得進一步探討的
部份.(這疑問可能超過觸媒運作的原理)

工程設計常常是很機巧的機制, 那是很關鍵的, 科技部的態度才是最應該被檢討.

王安的core memory分析設計就是一個明顯的實例, 他放棄可拿PhD的論文公布.
靠了賣給IBM的專利費成立了王安電腦公司.

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 114.43.234.78
※ 文章網址: http://www.ptt.cc/bbs/AfterPhD/M.1416148881.A.5D0.html
→ pent: 好吧，就回信給nature biotechnology:洩洩指教
→ eejovi: 請參考這篇論文 http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/nl0
→ eejovi: 都是採用約10 nm nanogap來研究DNA 在nanogap中的特性
推 Tenniss: http://yclept.ucdavis.edu/course/280/Schoen.Yin.pdf
→ Tenniss: 應該參考一下這位仁兄的下場~~
→ Tenniss: 或是轉寄給那些交大作者群參考~人家的學術殿堂是怎麼維護
推 eejovi: 電極直接暴露在液體中, 很多雜訊大部分都來自液體環境
→ eejovi: 更何況 若施加的電壓若太大.... 可想而知 會發生啥狀況
推 eejovi: 如何從這樣的實驗設定下 得到如此漂亮的結果 很好奇
pubs.acs.org的URL不全.
個人覺得那個電晶體源汲極只是拿來供應金絲電壓吸附Y抗體,除金絲末端外,上面可塗
上絕緣物, 就能避免電解反應. 不要忘了還有個光敏電阻在另Y端.那個可絕緣透光.
若只有 PA 電流, 電晶體在此其實毫無作用, 只是被切斷源汲電流. 有點故意誤導.
※ 編輯: ggg12345 (114.43.234.78), 11/17/2014 00:30:07
推 Shilia: e大：我很想看您推薦的那篇 ACS paper，但是 url 點下去說
→ Shilia: The requested article is not currently available on
→ Shilia: this site. 耶... @@
推 vaquero: 我不是理工的～但看大家討論好精彩！
推 eejovi: http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/nl080473k   抱歉
→ Shilia: e大我有看到 paper 了，也謝謝 g 大的解說。
→ eejovi: 個人從這篇的SEM TEM 判斷應沒任何絕緣材料覆蓋其上
→ eejovi: 有一點不太明白  若是以電流被切斷的角度來看
推 Narcissuss: 4F那個也是bell內鬥才搞出來的
→ eejovi: 一長段DNA是如何造成不連續的pulse數據, 可否有人回覆一下
推 eejovi: 還是多多討論學術  互相學習 求進步
我覺得他量的是抗體抓住Polymerase並聯後的Conductance.酶是觸媒,對ACGT的處理過
程不同. 最機制的部份是雷射光電能否影響酶的作用, 不過, 文章並未提到如何用.
蛋白質電晶體應是指Y型抗體+聚合酶. 有作用的控制極應是指光電柵.

※ 編輯: ggg12345 (114.43.234.78), 11/17/2014 01:33:16
推 eejovi: 抱歉 g大 我還是不太了解, 原作者是在光照條件下去量測?
推 eejovi: 因 我擔心雷射的激發pattern會直接影響到conductance..
→ ggg12345: 交大技轉頁下方論文有寫20~120/s轉換率是用雷射脈波照的
推 eejovi: oh..這個範圍剛好接近DNA pattern duration around 10 ms
→ eejovi: 所以我想了解 是否laser pattern會直接影響conductance..?
→ ggg12345: 那個光電開關應會影響酶的電位與導電,ACGT反應波形不同
推 eejovi: 謝謝g大這麼熱心 不小心  把你留這麼晚
→ eejovi: 我是看到那篇論文的Figure S1 才會有相關聯想 :)
推 eejovi: 所以laser光對於整個設計 只是激發  不會影響conductance?
→ eejovi: 因為 若是會的話  那如何排除laser造成的影響..很關鍵..
那個雷射光電極可能只是用以檢測源汲極是否與Y抗體接觸良好足以產生快速方波反應,
其測試值是350PA跟測AGCT反應的6PA相距甚大. 測AGCT時應該沒用雷射激發.
※ 編輯: ggg12345 (114.43.234.78), 11/17/2014 08:04:07
→ RungTai: 開頭的原子彈例子不能不噓   亂比喻一通
→ RungTai: 把科學跟國家機密混為一談
推 aufbu: 重點是 如果是機密 它可以直接講 這個是獨門秘訣不能公開
→ aufbu: 不需要加一些奇怪的訊息 像是在找理由...例如關廟實驗室
→ EagleSoul: 通篇看下來覺得萬分有趣, data repeat不出來究竟有什麼
→ EagleSoul: 好說的(或是好幫他們找理由的) (攤手
→ DrGolden: 學術論文發表的本質是盡可能清析明白地把新發現分享給
→ DrGolden: 同儕, 如果有不想公開的部份那一開始就不該寫論文發表.
→ DrGolden: 有時候限於表達方式, 一些技術理論細節不能在一篇論文裡
→ DrGolden: 完全呈現, 那麼引起質疑並反覆提供後續論證確立新發現的
→ DrGolden: 可操作性與再現性, 應該是當下國際學術圈行之已久的模式
→ DrGolden: 而不是出於藏私的理由躲躲藏藏. 公開發表與技轉獲利之間
→ DrGolden: 的分寸應該要拿捏清楚, 而不是想要兩者全拿.
→ DrGolden: 因此核武開發是一個非常不貼切的例子, 因為這些核武開發
→ DrGolden: 單位一開始就沒打算把工程細節當學術論文發表.
→ saltlake: 樓上抓到重點了 這些年來啥都想要啥都不想付出的大增
噓 chendaneyl: gg大大這篇神回應。實驗結果是王道。。。。。。
各位把發現自然現象的發現與人造的發明混為一談了.
自然現象或特性的發現除了觀察者的主觀觀點會造成不同的解說而有所不同外,
做為自然科學的發現對任何人都是一樣的呈現, 但是主觀的認知使表達不同,
但做為現象的事實卻是一直不變的, 這是大家認知的可重覆與可再現性.
但做為發明的人造物, 只有發明者知道造出這發明物的步驟程序, 通常發明物
是被拿來用的, 人們有興趣的是這發明物可以用出甚麼好處. 所以如何造出來
的細節是不會被看重且要求詳述的, 有時甚至是被忽略的. 當你想學習複製同
樣的道具拿來做類似的應用時, 經常發生的就是不容易複製那發明者所說的人
造物道具. 這個新製出的人造物仿製的不對那是得不出所說的應用. 人造物的
發明是工程應用. 例如望遠鏡顯微鏡都是這類人造物道具, 若造不出同樣性能
的顯微鏡, 看不見所說的標的物, 是很容易認定宣告者是造假.

交大的黃教授不保留所造的道具以重現他想表達的內容, 當然是這件事受質疑
時最致命的失誤.
但探討這道具的原理與可能性卻是可以進一步學習改進的辦法.
※ 編輯: ggg12345 (114.43.234.78), 11/17/2014 23:35:07
→ lail: 真的很有價值不想公開的研究應該連發表都不願意吧（就如同您
→ lail: 說的核武）
推 DrGolden: 不過我認同科技部在經費運用上要檢討, 不要老想佔便宜
→ DrGolden: 吃豆腐, 學界被科技部產學計劃坑的人不在少數.
→ MasterChang: g大是資訊系的....eejovi你問錯人了吧!?
→ expiate: 你越解釋我越覺得誇張，一個不能重現同樣性能的論文算什
→ expiate: 麼？就像廣告一樣告訴你有什麼功用而已，研究可以這樣？
推 chen1765: 超瞎的核彈類比～ 想保留細節會連量測儀器是什麼都講不
→ chen1765: 出來？ 更別說那人間蒸發的關廟貨櫃屋和Steve......
→ chen1765: 交大現在名聲已經跟那兩兄弟一樣臭掉了.............
→ librabook: 學術研究本來就應該是可以接受檢驗的 搞秘密就別發表
→ librabook: 如果你是referee 我回你這問題涉及機密 你買帳嗎?
從新修改了一下前述對論文閱讀後的看法, 謝謝 eejovi 的提醒.
圖示裡有兩段奇怪的地方, 就是圖2-set1 出現雜訊由高降低的變化.
另一個就是注入 dNTPs 後 由圖2-set2 約30分鐘後 變成 圖2-set3 的變化.
※ 編輯: ggg12345 (114.43.228.140), 11/18/2014 23:52:26
推 eejovi: g大..我不是生物領域的 只是心中有些好奇  謝謝你的熱心
推 eejovi: 除了電性量測 材料分析影像 有人也點出其中的疑慮 靜觀~
此外, 在補遺的S7可看到fold dilution 達10**6 後才會出現量測的圖形.
※ 編輯: ggg12345 (114.43.228.140), 11/19/2014 21:16:53
噓 chendaneyl: 大學之道，在追情真理，一人之私，傾軋社稷。。。
→ tainanuser: 很認真啊！