[求救] 關於PCR的問題

[yawenchou (yawenchou)]

我到實驗室之後接手了一種KO mice,

之前學姊在處理這種老鼠的genotype鑑定上就常常出現問題,

到我手上也是只要當genomic DNA濃度一不在範圍內就會跑不出來,

甚至就連當要load sample的膠放進去1X TBE裡面, 只要蓋過膠就有可能跑不出來,

最扯的就是當sample一多換成小齒梳, 就更有可能跑不出來;

今天又出現了我無法處理的狀況,

明明prositive control我已經做出好幾次是heterozygous的結果,

但是今天一整個翻盤耶=_= 為了避免又smear,

我用了兩組positive control,

結果一組在WT的地方沒東西, MU的地方卻有東西,

第二組卻都有跑出來, 而且band都很清楚,

我想請問這到底是什麼問題?!

我覺得我已經快要被這種transgenic mice給搞瘋了-..-

每次genotyping都要拖好久, 從來沒有爽快結束過FK,

我曾想過會不會是primer stock濃度出現問題所以才造成這種結果......

因為之前有一陣子WT就是死都跑不出來=_=

請問有人有類似經驗嗎?

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推 jabari:1. dna濃度很有關係 2.換個taq 3.回查mating歷史
推 jabari:我覺得這pcr應該還沒最佳化..多試試條件吧
→ jabari:除了pcr以外..用probe作snp genotype也可考慮
推 lilyj:請問是wt, ko, reverse三個primer一起跑嗎？如果是的話，
推 lilyj:可以試著分開跑，我有遇過wt ko primer會競爭的情況
推 as862437:換成小齒梳 loading dna總量一樣嗎?濃度太低會很暗