Re: [新聞] 研究造假 一句「資料丟了」就卸責？

[Shilia (us, together)]

: 圖示裡有兩段奇怪的地方, 就是圖2-set1 出現雜訊由高降低的變化.
: 另一個就是注入 dNTPs 後 由圖2-set2 約30分鐘後 變成 圖2-set3 的變化.


  老師，次世代定序平台中，Roche 454 搭配的 nucleotide substrate 同樣是 dNTPs.
  Roche 是我的 sponsor 所以之前這部份是有唸過一些文獻，比方說有國圖帳號的可以
  參考 DNA Polymerases: Discovery, Characterization and Functions in Cellular
  DNA Transactions (2010) 這本書第 61 頁：

   2.2 The DNA Polymerase Reaction

   (……)
   DNA pols incorporate a base by the following five-step-mechanism: first,
   a correct hydrogen bonding between the incoming dNTP and the tempting
   base is established (A to T and G to C and vice versa); second, water is
   excluded from the active site; third, the geometric selection in the
   active site takes place; fourth, the dNTP binding affinity leads to an
   induced conformational change in the active site and fifth, the
   phosphodiester bonds is formed between the last base of the primer and
   the new nucleotide by the release of pyrophosphate.

  第 62 頁有圖示說明，搭配著看會比較容易理解這個反應過程。

  沒有國圖帳號看不到圖的話也沒關係，Illumina 今年也有一篇 DNA polymerases
  drive DNA sequencing-by-synthesis technologies: both past and present，PMC
  上可看到全文 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4068291/

  Illumina 這 review 不只有類似的圖片說明，APPLICATIONS OF DNA POLYMERASE FOR
  EMERGING SEQUENCING TECHNOLOGIES 那段的結尾：

   Besides the nanopore-based sequencing approach, a protein, transistor-based
   sequencing method, leveraging electrical conductance measurement of 29 DNA
   polymerase reactions has been reported (Chen et al., 2013b). Unfortunately,
   this study is currently called into question, and the merits of this
   particular method must be reevaluated (Chen et al., 2013b).

  最後附上一篇 Duke 的 "室溫" 實驗報告—
  [Nano Lett. 2008] A DNA Nanotransport Device Powered by Polymerase 29
  http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/nl802294d
  就是這樣才對科技部袒護交大那非常勇健根本就外星來的聚合酶實驗報告非常憤怒啊

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※ 編輯: Shilia (180.218.166.23), 11/19/2014 02:50:09
→ guare: 抱歉，我程度太差，完全不懂你在說什麼。
推 jabari: 454定序跟solid等2代定序不太一樣..他的read很長 比較接
→ jabari: 近傳統pcr定序 各有優缺點啦
推 jabari: 反正交大這個是超時空定序 也不需講究太多了 XD 聽說有出
→ jabari: 來說 他們兩步是分開 不然的話 我對這個超低溫工作的pol
→ jabari: 更有興趣 XD
→ Shilia: 之前在做新穎臨床基因型鑑定方式開發的時候，因為就只有我
→ Shilia: 一個人在做呀，我也不會養細胞，所以是選 PCR 和 NGS 那條
→ Shilia: 路去走，因為靠我自己一個很顯然生不出啥厲害的聚合酶。
→ Shilia: Roche 有知道這件事，他們也很高興有人還願意繼續幫忙改良
→ Shilia: 原本在 2016 年就要停產的 454 的定序技術 (對岸倒是真的
→ Shilia: 用類似的原理做了自己的次世代定序平台)
→ Shilia: 如果真做成的話，應該就可以讓第三世界國家或是比較貧困的
→ Shilia: 鄉村也有辦法快速進行傳染病原檢測，因為 454 用來做這算
→ Shilia: 很 OK，只是試劑實在太貴了。這樣就從市場上消失很可惜，
→ Shilia: 因為這樣的平台和技術如果能讓資源少的第三世界國家擁有，
→ Shilia: 他們應該更能在基因體醫學領域做出自己很有創意的貢獻和突
→ Shilia: 破 ← 我會做出這種東西，因為那間實驗室就是要什麼沒什麼
→ Shilia: 啊.. 非常符合 "資源有限國家" 的實驗室樣子
→ Shilia: 不過聚合酶的專利和原生菌種的代謝途徑是真的超乎我想像的
→ Shilia: 有趣就是了。跟以前當學生唸書唸的那些完全不一樣..
→ Shilia: 一樓:我很生氣的點是全世界第一支 PCR 用的聚合酶，那是台
→ Shilia: 灣人發明的 ( http://goo.gl/hLnuix ) 結果現在冒出一篇舉
→ Shilia: 世譁然的根本就外星來的聚合酶的實驗結果.. 以後就不能去
→ Shilia: 跟 PCR 大廠講說 "聚合酶是台灣的驕傲" 啦... !@#$%
推 ggg12345: Illumina的那篇文章裡提到ATCG合成時,也可能出錯,聚合酶
→ ggg12345: 會改正解開,交大的實驗是因為Mg稀釋到很低,所以不發生這
→ ggg12345: 種過度快速反應,所以沒量出錯配再解開的導電波形嗎?
推 jabari: Pol會不會作錯跟他心情有關..改正跟Klenow有關 Mg只是動力
推 ggg12345: 請問那個Mg最後跑到那去了?是否有其他代用品?
→ tainanuser: 推！