[LUSRICH (ININ)]

請問進行細菌 真菌 及古細菌菌種鑒定時，
該選擇
 NGS或MOLDI -TOF呢
送驗之樣本用這兩種方式測到不同的結果
故有此困惑，先感謝版大們之解惑了！！

-----
Sent from JPTT on my Sony G3426.

--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 115.82.211.240
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Bioindustry/M.1516211590.A.5D8.html
※ 編輯: LUSRICH (115.82.211.240), 01/18/2018 01:53:56
※ 編輯: LUSRICH (115.82.211.240), 01/18/2018 01:55:14
※ 編輯: LUSRICH (115.82.211.240), 01/18/2018 02:07:30
推 sunnylaba: 可以po到Biotech版問看看
推 rossy: NGS看基因體序列 MALDI-TOF看蛋白質 一般都先定序然後做Phy
→ rossy: logenetic tree去看看這些菌屬於哪一類
推 ChesterYeah: Maldi-tof 你目的要做什麼？前處理是？
→ ChesterYeah: 沒有target 就沒有特定要看什麼的話，
→ ChesterYeah: 你只會看到一些不知道是什麼的東西
→ ChesterYeah: 這些東西不只會是蛋白質
→ ChesterYeah: maldi told 要看核苷片段也是可以的，需要比對數據庫
→ ChesterYeah: 看蛋白表現就需要水解，電泳或否，上機，比對資料庫
→ LUSRICH: 感謝版大們回覆
→ LUSRICH: 我送驗的樣本是含多種未知菌的複合樣本
→ LUSRICH: 故先送NGS檢測後
→ LUSRICH: 驗出其中有腸球蔨屬之糞腸球菌，於是委託廠商以腸球蔨屬
→ LUSRICH: 的培養基分離，並再以malditof蛋白圖譜去鑑種作二次確認
→ LUSRICH: ，結果打出來的93個點都顯示是另一種菌：耐久腸球蔨，接
→ LUSRICH: 下來就卡關了 板大們建議以何種方式往下驗證呢？感激不盡
推 ChesterYeah: 93個點 你是指maldi 的plate還是？以及處理方式？
→ LUSRICH: C大您好 感謝您 我剛剛與廠商確認了這個問題
→ LUSRICH: 我們當時係以腸球蔨屬培養基上的colony們挑了93個點打哦
→ LUSRICH: 第94個樣本以Ecoli當對照
推 ChesterYeah: 活菌直接上機嗎？還是有萃取？前提是你選擇培養基上
推 ChesterYeah: colonies 是純菌株，然後有無萃取步驟或是直接混基
推 ChesterYeah: 然後同一盤上面的點最好也挑去做colony PCR 確認一下
推 ChesterYeah: 有種情況是看似single colony 但卻是重疊
→ ChesterYeah: 若不是，基本上Maldi都只能當作佐證；NGS就看做多深