[問題] recombinase 重組酶 DNA inversion

[coolboychiu ()]

【問題】：

我們知道有些重組酶像phiC31可以產生不可逆的DNA翻轉，圖示如下

attP >^^^^^^^^> attB (>^^^^^^^^> 表示一段被attP和attB夾住的DNA序列)

          |
          |
          V

attR <vvvvvvvv< attL (v 代表 ^ 反轉後的樣子)


如果現在DNA上有多組相同的attP-attB pairs，如下圖

attP_1 >^^^^seq 1^^^^> attB_1  ~~~~~~~~  attP_2 >^^^^seq 2^^^^> attB_2

(~~~~~~~~代表中間不重要的DNA序列 可長可短)

我在想這樣的結構應該attP_1和attB_2夾住的整個DNA序列也有機會整個被翻轉

我想請問各位的是：

seq 1和seq 2個別被翻轉的機會會遠比整個序列一起被翻轉大得多嗎？

【問題起因】：

研究上碰到的

但我本身其實是念電子 老闆有興趣 我就被叫來做相關研究了

我已經查了一整天資料 但毫無所獲 到現在都還沒睡覺QQQQ

所以才想上來請問大家

如果有參考資料 方便的話  麻煩各位在提供給小弟了

沒有也沒關係

先謝謝大家了

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.112.218.11
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biology/M.1461960338.A.E68.html
→ blence: 你把P,B,R,L的1跟2的ATCG序列拿來比對是怎麼轉變就了解了
→ blence: P1B1可轉成R1L1,但P1B2轉不出可用的R?L?阿
→ coolboychiu: 謝謝樓上回答。但我是假設兩組attP和attB一模一樣 下
→ coolboychiu: 標1和2只是方便讓我解釋問題 那這樣attP1和attB2應
→ coolboychiu: 該也可以變成attR和attL吧？
※ coolboychiu:轉錄至看板 Biotech                                  04/30 21:11
推 oyl158: 答案是肯定的 如果在假設Recombinanse的效率沒有距離的影
→ oyl158: 響下。翻轉的可能有四種，frag1+2, frag1, frag 2，都不
→ oyl158: 轉. 中間兩者只要其中一個發生另一個就會接著發生，中間
→ oyl158: 兩者只要其中一個發生第一種情況也不會發生，所以個別翻
→ oyl158: 轉的機率會比較同時翻轉高。都不轉的情況是中間兩個attB a
→ oyl158: ttP發生互換