[問題] 基因表現量計算

[dontsteal896 (violence阿公)]

如題

大家好
朋友在做rnaseq後
在分析完基因表現量再去找有顯差基因的時候
給別人試跑後
跑出來的data的表現量有0
0應該是沒有reads吧
但是fold change卻可以算出來
想很久看不出來0還會有fold change

想請教大大
並附上excel圖
https://i.imgur.com/G2l3srH.jpg

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→ jjlee: 可能預設有 lower cut-off，查一下分析程式有沒有說明
推 Ezc: 去看看EdgeR的說明吧
→ Ezc: https://support.bioconductor.org/p/63901/
→ Ezc: 重點是你的對照組有count就有潛在生物意義，計較數字沒意義
推 Ezc: 只因為一組全是0就刪掉是很stupid的事
→ ttyyrruu: 一般來說，會先計算TPM or FPKM再計算FC，如果沒有reads
→ ttyyrruu: ，TPM or FPKM會標記為0.001(極小值)，這樣就可以計算FC
→ ttyyrruu: 了