[討論]如何分析miRNA microRNA array的data

[apple23418 (apple)]

老實說這個問題我不知道問出來會不會很奇怪,因此做好被嘲笑的心理準備來發這篇!

這個問題是我突然想到的!

我們在基因的microarray的時後譬如說我們跑兩組一組是控制組一組是實驗組,然比較
實驗組相較於控制組有變化的基因!

然後在基因的microarray我們可以分析說這全表現量的基因是跟哪幾條signal
transduction 有關! 例如用 metacore or David


那在microRNA的研究上不知道有沒有類似的程式或是DATABASE可以做到這件事?

不好意思,麻煩幫小弟解惑一下!



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推 qiet:就我印象好像沒看過有類似的東西，畢竟每個microRNA都可以hit
→ qiet:到多個不同的pathway(甚至是相反功能的)，在每個不同cell typ
→ qiet:e的狀況也不同，和protein expression的狀況不太一樣
→ apple23418:那請問一下大家都是怎麼在茫茫ARRAY中挑到要study 的mi
→ apple23418:RNA
推 huuban:從表現量或是有興趣的pathway開始
推 aceliang:GSEA
推 jeffsu:我們找廠商跑的 可以直接要求廠商幫忙分類
推 lingon:miRNA array->DE miRNA-> miRNA target gene -> GSEA