[求救] NCBI 下載基因序列

[silverberry (平行線上的交集....)]

大家好，

我平常從 NCBI nucleotide 中查到需要的基因的序列後，

用右上角 Send 選項裡的 Complete Record -> File -> GenBank (full) -> Creat file


雖然訊息完整，但是像 FEATURES 裡，

mRNA or CDS 會註明 join(1..54,254..294...)

但是下載的序列還是全部都是小寫。


請問有沒有辦法下載出把 exon 以大寫顯示的格式?
或是有沒有軟體可以快速地轉換?


謝謝

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 73.164.8.164
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1429161790.A.1B6.html
→ Ianthegood: http://tinyurl.com/nmarrzn
推 jabari: word
→ jabari: 等等 你是只要exon大寫其他小寫嗎?
→ Ice9: 選擇你要變成大寫的文字，再找找軟體中類似『變成大寫』的項
→ Ice9: 目。現在幾乎所有可以開啟純文字檔的軟體都做得到這件事吧。
→ Ice9: 而且，你下載的也只是 exons 序列，看小寫比較不傷眼……
→ silverberry: 抱歉，我可能沒有表達得很清楚，
→ silverberry: 我下載的序列是 gene region，包括 exon 和 intron
→ silverberry: 我想要把 exon 標成大寫，方便區分，也可以畫出
→ silverberry: splicing map。當然一個一個對著 join 訊息把 exon
→ silverberry: 標出來也是可以。只是想知道有沒有一開始下載時就
※ 編輯: silverberry (73.164.8.164), 04/18/2015 13:54:15
→ silverberry: 會把 exon 標成大寫的方法。
→ silverberry: 附上我將要用來畫圖的網站
→ silverberry: http://wormweb.org/exonintron
→ silverberry: 謝謝~
→ blence: NCBI可以從gene找到裡面的tool,可以抓你要的seq,不過in/ex
→ blence: 是以底色分區的,要自己處理;如果是UCSC就可以自選gene或
→ blence: output region時,設定你要哪些特徵以大小寫的形式
→ blence: http://tinyurl.com/khw9q33
→ Ice9: 要直接分色的話，我接薦 UCSC 和 Ensembl。NCBI gene 有聯結
→ Ice9: 它們已經幫你畫好圖了
→ silverberry: 謝謝兩位~ 受教了 ^ ^ m(_   _)m