[討論] Affymetrix microarray 分析方法

[x9060000456 (你好)]

各位前輩大家好
小弟我分析 Microarray 做了3個月，
流程幾乎都是做 QC (MAS5)→挑出不好的 chips
→觀察資料(spike-in control plot heatmap , box plot , all genes plot MDS)
→使用 LIMMA 分析→挑出差異表現量基因→將差異表現量基因放在 KEGG pathway觀察


以上是分析 Microarray 粗略的流程~
請問各位前輩我做到最後一步，還可以如何進階分析!


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推 huuban: 跑個co-expression network，最近好像很多人這樣用
→ x9060000456: 謝謝大大~我會上網查了解一下!!
推 lelojack: 有沒有臨床資料 根據資料型態 可以做一些回歸統計
→ x9060000456: 沒有臨床資料唷-_-" 另外因為microarray變數數目大於
→ x9060000456: 樣本數 所以回歸不能做
推 lelojack: PCA analysis 利用PCA的緯度 來找出重要的factor
推 lelojack: GSEA也可以用看看 筆電就可以跑了
→ x9060000456: WOW, 謝謝大大的指點! 因為本科系是統計...所以對這
→ x9060000456: 塊非常的陌生-_-"
推 lelojack: 科 我反而羨慕統計系的  程式只是工具 最後還是回到連
→ lelojack: 續資料或類別資料的統計