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最近boss想做一個project 主要是研究某段基因對於藥物抗性的影響 實驗中用到的質體 屬於T5 promoter 其中的antibiotic resistance gene屬於Amp resistance 但本身我們在做Drug resistance的目標也是Beta-lactam 篩選所使用的抗生素會影響實驗結果 想把amp 抗性換成 其他抗生素篩選基因 苦於小弟沒做過mutagenesis... boss也不太願意添購新的plasmid 想請問一下板上先輩,有甚麼方向可以嘗試? 可以點出,小弟再去搜搜看相關文獻方法來嘗試! 感謝各位提點 祝各位順順利利的~實驗也都有好Data!!! -- 教授念經何時了 靠妖期末考 室友昨夜又春風 好人不堪回首數卡中 學長筆記應猶在 只是課本改 問吾能有幾多囧 不多不少正好五十九 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 163.20.181.88 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1430450924.A.1C5.html
milkpa: 實驗室有抗其他抗生素的plasmid嗎,拿來換一換就好了 05/01 11:49
licat: 查有沒有適合的酵素切位把amp gene切掉 接別的進去就好 05/01 11:51
有Kanamycin、chloramphenicol的抗性載體 amp resistance前方緊黏T5 promoter 還是只要把AMP部分截掉就好了?? ※ 編輯: babylikeg (163.20.181.88), 05/01/2015 12:03:02
liuse: 沒RE的話可以設計homologuous recombination換進去 05/01 15:01
liuse: 但要在特殊E. coli strain 05/01 15:02
eric1210: 先把map調出來 ,應該會有可切掉amp的位置 ,切掉後由 05/01 15:11
eric1210: 其他plasmid的抗生素片段來塞進去 05/01 15:11
eric1210: 切掉amp部份就可以 ,T5不用 05/01 15:12
Ice9: 我想到的是類似 liuse 的作法:將Amp vector 和要製換的XXX 05/01 17:23
Ice9: vector 放在一起。設計 forward primer 前半段在 amp vector 05/01 17:24
Ice9: 上,後半段在 xxx 抗生素的 5'-end 上,然後 reverse primer 05/01 17:25
Ice9: 的前半段在 amp 3'-end 之後的原 vector 上,後半段在 xxx 05/01 17:26
Ice9: 抗生素的 3'-end 上,當然要比一般 primer 要長一點。然後拿 05/01 17:28
Ice9: 去 PCR amplify。最後3種 plasmid 的大小應該有差,切膠分離 05/01 17:29
Ice9: 要不然拿 DpnI 處理過是最好。 05/01 17:31
Ice9: 最後再拿去 transform 量產和定序。 05/01 17:32
Ice9: 咦,不對,這樣會有四種 plasmid 。把 xxx vector 先用RE切 05/01 17:34
Ice9: 到包含 xxx 抗生素 DNA 的最小片段,分離純化,再和含 amp 05/01 17:35
Ice9: 的 vector 放在一起進行 PCR 量產。 05/01 17:35
blence: 我用過上面的方法塞入最長1.5k,同時踢掉幾10bp,不過是先放 05/01 18:36
blence: 大xxx後先純化,再以此當primer以site direct去換amp vectr 05/01 18:41
Ice9: 我自己没塞過東西,而是用類似的方法進行同一段 DNA 上不同 05/01 22:31
Ice9: 片段的置換,所以想說以前的方法,原 PO 可以考慮。blence 05/01 22:34
Ice9: 的方法更簡單,但我們兩者的 primer 設計應該是一樣的。 05/01 22:36
Ice9: 而 blence 的方法應該會能省 primer 的設計長度。 05/01 22:40
e104582001: 感覺買新plasmid會比同源互換較多錢XD 05/02 03:14
e104582001: *省 05/02 03:14
chaunen: 可以先上addgene找看看有沒有適合的 05/02 11:03
jeol1620: 可以試試看PIPE cloning 可以做deletion,insertion 05/06 22:01
jeol1620: 放新的基因要4條引子,deletion,insertion兩條就夠了 05/06 22:03
jeol1620: 兩條引子P完用dpnI背景切乾淨直接電穿孔,只是變沒抗性 05/06 22:05
jeol1620: colony PCR要多篩一點 05/06 22:05
jeol1620: Ice9大大說的感覺是RF-cloning 05/06 22:06