[討論] SNP是否影響RNA的表現量

[maybeshit (堅持美好)]

最近在作SNP相關的研究

將一段mini gene利用點突變，將單一核甘酸突變(C-->T)

結果作Q-PCR發現

表現量卻發現相差有10倍以上!

跑膠沒有Alternative splicing，但卻可以看到band有明顯差異

我很疑惑的是，兩段基因指利用點突變單一點，卻影響這麼大的表現量

這是有可能的嗎? 小弟書讀不多~盼解惑! 感恩~


--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 117.19.130.25
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1435285327.A.36E.html
→ Ianthegood: http://lmgtfy.com/?q=snp+gene+expression
→ blence: sample size夠大的話,可以做eQTL比較
→ blence: 不過本文沒描述實驗操作的細節
→ Ice9: 只能說有可能，但差十倍這種事，還要看其他條件吧。
→ xxtomnyxx: 你突變在哪裡？ promoter? exon? intron?
→ maybeshit: exon
→ blence: 為什麼exon mutation要看RNA,為什麼用minigene?
有轉cDNA看表現量，因為這gene段沒人研究過，minigene是參考paper的

→ blence: 你的C與T在不同construct上,如何normalize兩者差異?
→ blence: 而且也是很好奇何不能透露實驗設計,反正又猜不到你的SNP點
推 jabari: 拿clone直接跑PCR efficiency... 一樣的話再討論表現量
有跑電泳過，兩個vector沒有斷裂，量也差不多一樣

→ xxtomnyxx: 有很多可能，你給的資訊很難判斷，不過其實就算給了也
→ xxtomnyxx: 還是很難區分是哪些可能。
→ xxtomnyxx: 再問仔細一點：你的 minigene 是怎麼放到細胞裡的？
→ xxtomnyxx: 是用 transient transfect 還是挑 stable clone？
是以Lipofectamine 2000 transfect into cell

→ xxtomnyxx: 然後你既然提到你有看 alternative splicing，表示你突
→ xxtomnyxx: 變的點很接近 splicing site？那就有可能是 exonic
→ xxtomnyxx: splicing enhancer 的影響？
這點也有討論過，有可能性

→ xxtomnyxx: 然後你的 qPCR 設計的 primer 有跨 intron 嗎？你可以
有跨intron設計

→ xxtomnyxx: 提供更多資訊這樣才方便我們分析可能，反正你不講基因
→ xxtomnyxx: 明也沒人知道你在研究什麼，不用擔心有人會跟你競爭ww
→ xxtomnyxx: 名  (訂正錯字)
→ Ice9: 如果是exon上，你可以參考SMN1和SMN2的比較差異，也是著名的
→ Ice9: exon SNP 造成表現量差異大的例子。另外，除了 splicing 有
→ Ice9: 異，你的SNP會不會也形成新的stop codon？這也會影響穩定度
有想過會不會是stop codon，但已排除


現在朝著actinomycin RNA stability方向走

謝謝各位的討論分析^^

※ 編輯: maybeshit (117.19.128.219), 07/01/2015 10:39:11
→ Ice9: 你既然要做 act.D 和 RNA degradation 的實驗，那最好也考慮
→ Ice9: 一下在24小時內做time course收集數據。另外，有試過使用
→ Ice9: 不同細胞株來看看結果嗎？或是同一種細胞的不同狀態/刺激下
→ Ice9: 不同RBPs或RBP不同狀態也有可能會有影響，但這扯得有些遠了
→ supray: 因SNP產生miRNA target site也是有可能的@@