[求救] 如何篩選 transmembrane protein ？

[hibestnick (Nick尼克)]

各位好，這個暑假進生化實驗室實習，
由於本身是讀化學的，生物方面的資訊不太清楚。


今天我要分析從細胞膜上萃取出的蛋白質體，
質譜分析完畢之後，使用Proteome Discoverer這個軟體，
把ID到的917個蛋白質之列表輸出。


結果如下：
https://goo.gl/bYyd9z


我用gominer.jar這個軟體可以知道，
哪一些蛋白質是屬於membrane protein，


但我現在想要知道，哪一些是屬於transmembrane protein，
這個軟體就無法告訴我了。


所以我想請問有沒有軟體可以篩選出transmembrane protein，
google了很久，不是找不到，就是看不懂如何使用
（有些要特定檔案格式？ 反正我丟進去都沒成功）


如果可以，除了給我關鍵字之外，是否也可以教學一下

謝謝你看完這篇文章

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.109.53.131
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※ 編輯: hibestnick (140.109.53.131), 08/12/2015 10:37:27
→ Ice9: 試試 DAVID？ https://david.ncifcrf.gov/
推 liuse: 看這個http://geneontology.org/page/membrane-proteins
→ liuse: 所以你要的應該是屬於"integral component of membrane"
→ liuse: 也就是GO-term "GO:0016021"
→ liuse: 然後你就可以用任何抓GO-term的軟體來看你的list就好
→ liuse: e.g. 剛剛隨便用了一個線上網站
→ liuse: http://go.princeton.edu/cgi-bin/GOTermFinder
→ liuse: 貼你的gene list找到455個gene具有該GO-term
→ liuse: DAVID也可用 但它網站常當就是