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菜到不行的碩一新生的我最近剛跑完同一批cell line的QPCR以及western 結果發現在cancer cells中的RNA level所想看的x gene的CT值很高,幾乎沒有表現。 而western protein level的結果卻是皆有表現。 請問這種結果合乎邏輯嗎? 新手的我實在想不太到這兩者之間發生了什麼事(暫時排除人為技術><) 有稍微跟跟我一樣菜的同學討論了一下 同學說可能原因是: 1.RNA容易degrade,可能沒有測到。 2.有其他機制去影響x protein的表現。 再來還有什麼可能的原因呢? 謝謝!!! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 111.243.117.119 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1441208245.A.9C2.html
blence: 這哪是相反了,有沒有適當的control怎麼是相反 09/02 23:39
lb00202549: 不好意思!我用字不恰當>< 09/02 23:40
※ 編輯: lb00202549 (111.243.117.119), 09/02/2015 23:40:53
blence: 你把現有抗體倍率再稀釋一千倍,WB結果不就跟QPCR一樣了阿 09/02 23:40
lb00202549: 但是無論QPCR或是western的internal control都很清楚 09/02 23:42
blence: 等你用很多株細胞再來說WB與QPCR是不是一致 09/02 23:47
blence: 現階段的data把該抗體再多稀釋一千倍,WB就很QPCR一樣弱了 09/02 23:49
huuban: RNA quality OK嗎? 09/03 00:09
ljii: 呃...這是常見到不能再常見的狀況了 09/03 05:50
ljii: 照你的說法是RNA測不到, protein測的到. 所以可以從RNA leve 09/03 05:51
ljii: l及protein level各去想. 各自有無數可能 09/03 05:51
ljii: RNA level :RNA sample quality? primer melting curve?換 09/03 05:52
ljii: 組primer?RNA有沒有被DNA 污染?搞不好RTPCR產物跑膠是一個 09/03 05:53
ljii: smear 09/03 05:53
ljii: protein level: 你確定你blot到的是那個protein嗎?別的lane 09/03 05:53
ljii: 也blot的到?有positive control嗎?(確定有表達該protein的 09/03 05:54
ljii: cell line) 09/03 05:54
ljii: 另外你的"皆有表現"也講的很含糊, western出來是一個 09/03 05:54
ljii: big fat band, 還是是好幾條然後剛好有一條命中你預期的分子 09/03 05:55
ljii: 量你就覺得是有表達?表達量跟loading control比呢? 09/03 05:55
ljii: 假如上面troubleshooting都作完了, 確實是RNA表達量很低 09/03 05:56
ljii: 但protein量高, 那可能就是有別的gene在作這個protein或是 09/03 05:57
ljii: 剛好作一個類似大小又類似epitope的fragment (抗體好不好也 09/03 05:57
ljii: 有差). 09/03 05:57
ljii: 最後加個不負責任的預測,因為你說你RNA的Ct很高, (高是多少? 09/03 05:58
ljii: 35?38?) 我會猜是你根本就是primer不好,換幾個primer試試吧 09/03 05:58
ducky313: 這好多原因,三言兩語也說不完...另外可能還有時間點的 09/03 10:17
ducky313: 問題哦.. 09/03 10:17
lb00202549: 請問時間點是什麼意思呢? 09/03 11:10
liumang: mRNA→protein這段時間也是要考慮的啊 也許你雖然測的到 09/03 20:55
liumang: protein 但mRNA早就degrade掉了啊 跟你一樣是小碩一 有 09/03 20:56
liumang: 錯還麻煩指教一下 09/03 20:56
qiet: 先保證你的實驗condition是ok的再來考慮科學問題 09/03 23:42
qiet: RNA品質, primer/qPCR條件(是否有好的positive control) 09/03 23:43
Ice9: probe 是自行設計的嗎?搞不好 probe 也有問題呢。 09/04 10:34
Ice9: 另外,你可以先看看你的mRNA,上面有没有早夭序列…… 09/04 10:36
andy544asd: 蛋白如果在細胞裡面很穩定不容易降解 就算mRNA都消失 09/09 23:04
andy544asd: 原本的蛋白質還是不會消失阿 就頂多沒有新生成更多 09/09 23:05
ararthur: primer換一組吧 或許根本沒抓到 09/28 02:22