[求救] 有關LC MS/MS的樣品製備

[charlene822 (是喔)]

簡單敘述一下我的實驗
實驗室研究的某個A蛋白正常為monomer形式存在
但加入了B藥物後會隨著藥物濃度增加漸漸形成dimer
而我想經由Mass知道他形成dimer是哪些胺基酸的片段或位置影響的
就我所知可以利用trypsin來做水解特定胺基酸的處理後再上機分析
我想請教的是:我們實驗室是用column純化出來的蛋白 需要跑膠處理還是直接可以用純化
後加藥的蛋白來做比較?
如果是的話蛋白濃度以及怎麼加入trypsin處理 還有trypsin的量要加多少?
小弟對於這方面一無所知 有勞各位大大救命了 感激不盡

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推 littleable: 不管是monomer還是dimer,trypsin都會切
→ littleable: 要怎麼找binding的位置呢?請賜教!!謝謝!!
推 dehydrogenas: Protein:Trypsin 1:50
→ dehydrogenas: 樣品在gel裡就做in-gel digest 在solution裡就做
→ dehydrogenas: in-solution digest
→ dehydrogenas: 樣品會形成dimer一般都是雙硫鍵較多 到時候就看轉
→ dehydrogenas: 譯後修飾的Cys是不是有被modify過
推 czyangshoo: 請問有沒有相關的paper可以參考呢？