[求救] 用real time定量糞便total菌數

[chenmick ()]

目前實驗需要監測小鼠糞便的total菌數

看到paper用real-time PCR的方式可以得到16S rRNA基因的copy number
(會使用universal primers)

但在實驗執行上有遇到幾個問題

1. 請問50~100 mg的糞便夠測嗎?

2. 糞便要做什麼前處理嗎? 脫水?(糞便有的軟有的硬,擔心未影響重量)
還是可以直接冰-80?

2. 我看到別人data呈現方式的y軸是copy number/g
請問是指在分離DNA時用固定體積elute,並取固定體積做real-time PCR?
(就不管每管DNA的濃度不同?)

感謝~~

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 203.71.94.11
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※ 編輯: chenmick (203.71.94.11), 11/05/2015 17:37:18
※ 編輯: chenmick (203.71.94.11), 11/05/2015 17:38:59
推 biotium: 有直接抽stool dna的kit可抽的DNA
推 as862437: 每管抽出總體積同濃度不同，pcr 才會有差異啊
推 hitmd: 假設stool kit抽到的完全都是菌的DNA的前提下，以等重量的s
→ hitmd: tool下去抽，再以等體積下去做elution,理論上可以測。但是
→ hitmd: 要是考慮到kit每管抽的效果差異與除了菌以外的DNA含量比例
→ hitmd: 影響，數據應該不會太好看。
推 hitmd: 也可以進行enrichment的動作，但成本就會拉高很多
推 Nicoleching: 直接做NGS. 逃