→ blence: 目前EMBL-arrayexpress,oncomine應該會有你要的那些 03/20 21:58
→ blence: 不過query感覺比NCBI GEOprofile較多一些方法 03/20 22:00
→ blence: 基因表現與臨床info方面,有TCGA與METABRIC等大樣本可用 03/20 22:03
→ blence: 原po的部分,他是要看treatment(kd)的,N大小不重要吧 03/20 22:12
→ blence: 如果要介意N,就不需討論kd,直接以N討論EGFR與gene的r就好 03/20 22:16
→ lail: 記得洪教授就是提出「EGFR會入核」理論的人啊，他研究EGFR蠻 03/20 22:43
→ lail: 多的吧 03/20 22:43
→ lelojack: 有p value可以篩選，做驗證的人很開心 03/21 00:17
推 aaaazzzz: 謝謝喔，可是我從GEO datasets搜尋EGFR knockdown得到 03/21 23:16
→ aaaazzzz: 40筆資料,如果從GEO profiles則得到367筆資料 03/21 23:17
推 aaaazzzz: 附帶問樓上B大，TCGA的資料庫如何使用，曾經看過網路說 03/21 23:21
→ aaaazzzz: 明，但還是一知半解，不曉得如何使用，何處可學到使用的 03/21 23:22
→ aaaazzzz: 方法呢？(曾注意過陽明大學楊教授論文曾用TCGA資料庫) 03/21 23:22
→ aaaazzzz: 回應樓上L大，洪教授確實做過一系列EGFR進入細胞核的研 03/21 23:23
→ aaaazzzz: 究,但令我覺得百思不解的是他在review文章提到EGFR入核 03/21 23:24
→ aaaazzzz: 比例低於10%,但ICC與western data卻如此顯著，不曉得有 03/21 23:25
→ aaaazzzz: 無特別的妙方？ 03/21 23:25
→ lelojack: 有人能從TCGA撈出原始數據嗎？ 我只能找到正規化後的 03/21 23:49
→ lelojack: 檔案欸?! 03/21 23:49
→ blence: 哪一種? level 1嗎？ 那要有帳密而且得捐款贊助一下 03/22 01:34
→ blence: aaaazzzz如果只是要查看而不需自己整理data可試cbioportal 03/22 01:47
→ blence: 即可,它們把TCGA弄的更有善使用,等到無法滿足需求再去TCGA 03/22 01:49
→ sunorange: 現在kegg更好用 ！！！ 03/23 00:38
推 aaaazzzz: 我有聽到交大博士生有從TCGA網站擷取資料，設計程式 03/23 22:00
→ aaaazzzz: 不過還是不清楚如何使用 03/23 22:01
推 aaaazzzz: 謝謝b大提供cbioportal,我再摸索一下 03/23 22:05
→ aaaazzzz: 謝謝s大提到KEGG,突然想到研究所老師課堂有介紹過 03/23 22:06
→ sunorange: TCGA 我們正在用，也很好用 03/24 11:52
推 aaaazzzz: 請問TCGA需要付費嗎？可得知基因對照病人的預後嗎？ 03/25 17:34
→ blence: 把RNAseqV2跟clinical下載後繪KM plot 03/25 20:55
→ lelojack: 做高通量分析的人真多 突然有溫暖的感覺XD 03/26 00:51