[求救] 抽RNA濃度很低

[baal90317 (夢夢夢夢想家)]

最近實驗抽的RNA  測出來的濃度都很低 <10ng/ul

請問比較可能的原因是細胞數不夠嗎  還是RNA降解  或是抽取方法有誤?

情況: 我大概有24個sample種細胞
(種在sacffold上  所以不太好確定種上去的數量 只能控制下的細胞 大概40萬顆/個)

然後抽完RNA去量nanodrop  發現先種的11組濃度都低於10ng/ul

後種的的13組全都大於50ng/ul 260/280 , 260/230值也好看

而且嚴格說來都是同時種的 同一次實驗 只是下細胞的順序分為先下和後下

而後下的都是實驗組 所以我不太知道原因  請問有人能解惑一下嗎?

(而第二次抽完  發現全部都低於 10ng/ul QQ)


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→ blence: 說一下吧，不然會認為溶在1ml裡面濃度當然少
推 hitmd: 用什麼方法抽？
→ baal90317: 用kit抽的，溶在30ul的rnase free water裡
→ xxtomnyxx: 下了 4e5 的細胞後養多久收？用哪牌的 Kit 抽的？有沒
→ xxtomnyxx: 做均質化(homogeneous)？有沒有做 DNase 處理？
推 hitmd: 方法寫越詳細，版友越好幫你喔
→ baal90317: 下完一天後收細胞，廠牌是zymo的miniprep,上述的處理
→ baal90317: 都沒有做
→ xxtomnyxx: 你把 lysate 填到 gDNA column 時你的 lysate 是不是很
→ xxtomnyxx: 黏稠不像一般的流體？過完 gDNA column 後加酒精有沒有
→ xxtomnyxx: 把溶液混合均勻？有沉澱物的話沉澱物也要一起放到 RNA
→ xxtomnyxx: column 上。
推 ararthur: 低於10的 先確定不是鹽類或蛋白peak的尾巴蓋到A260
→ ararthur: 可能真的只是雜訊
→ ararthur: 我覺得是抽RNA有問題 那幾組根本沒抽到