[求救] plasmid extraction quality膠圖判讀

[fishg1216 (葉綠體)]

之前做了好幾次plasmid extraction，
然後將沒經過限制酶剪切的plasmid去跑膠做quality check，
發現膠圖總會有3條band。

膠圖如連結:http://goo.gl/wdfQv9
查了板上先前的舊文及估狗資料，
plasmid在跑膠會有circular single stranded、supercoiled、covalently bonded、
linear及nicked 5種form (條帶)。

但為甚麼每次做出來的膠圖只看到3個band? (Q1)
此三條band 由上至下是否分別代表nicked、linear及supercoiled (Q2)
此外為何沒有限制酶剪切的plasmid會有linear 及nicked form存在? (Q3)

另外，看網路上的plasmid膠圖
supercoiled form 與其他form 的距離很明顯都會拉很開，
但我跑出來的膠(1% agarose gel, 100 V, 400 mA, run 30 min)
第一條和第二條band距離相當接近 (plasmid大小約為3.4 Kb)
讓我相當困惑第一條band到底是不是supercoiled form? (Q4)

以上4個問題還請大加麻煩幫我開釋解惑一下!
如果認知上有錯也麻煩糾正，
謝謝!



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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 61.216.40.23
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1471957752.A.CA2.html
→ e104582001: 你要把膠圖拿出來吧，又不是每個人都能通靈
推 tynse71864: 我有時候沒切就只有一條了囧
→ tynse71864: 看不到不代表沒有 可能量太少
推 jabari: ( -3-)y=~~~ 你pipette了嗎?   難怪三條...
→ Ice9: 上圖
※ 編輯: fishg1216 (61.216.40.221), 08/24/2016 21:27:06
推 jabari: load太多... 這marker是1k linear的嗎?
→ jabari: 多跑一條supercoil marker看看?
→ Ice9: Marker拿錯了？Samples 量太多，取個1/10再跑一遍，45 mins
→ Ice9: 再來就是感覺膠體不只 1% 了。
→ Ice9: 最下方那個有可能是single strand circular form。有可能是
→ Ice9: 因為 sol'n I 加下去時處理不當導致。