推 liuse: 還是可以 先做de novo genome assembly 後再mapping 10/20 09:18
推 Ianthegood: 可以做ish後再做optical mapping啊 再分chromosome XD 10/20 16:56
→ lelojack: 要做都可以就只是blast 不過要做出唯一解這是生資的功 10/20 21:25
→ lelojack: 力!! 10/20 21:25
※ 引述《liberty5556 (赫拉克羅斯)》之銘言：
: 若從抗病品種及不抗病品種RNA-seq數據中，比較得知在抗病品種表現量高的基因。
: 請問要如何回頭做genetic mapping?
: 定位這些基因在染色體上的位置呢？
在沒有Genome的狀況下 是無法做mapping的喔
我用有Genome情況下回答
假設我要找香蕉的FLS2序列在哪個chromosome上
http://imgur.com/a/1v7qa
請到ensmebl上找blast工具
http://plants.ensembl.org/Musa_acuminata/Tools/Blast?db=core
結果很漂亮的座落在chromosome 6上
http://imgur.com/a/n8lQy
如果沒有參考序列就請私訊我吧 我或許我有其他辦法
J
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