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這是我所設計的primer F-primer 5'GCGGCCGCATGTGTCGGTACTTGAAG3' R-primer 5'GGATCCTTATCTTGGATGAGCGAC3' 使用的是NotI和BamHI 在重組的部分,已經有成功接上T vector,也送到DH5a裡面,經過PCR確認後也有目標基因 。但是之後想切下目標基因後,發現完全切不下來。 這是我用的條件 50uL plasmid +各1uL enzyme +2uL 3.1buffer 放4小時 50uL plasmid +各2uL enzyme +5uL 3.1buffer 放8小時 皆在37度 試過後發現都無法切下。 查過資料後,在想說會不會是DH5a跟NotI有甲基化的關係!?!?!也只是猜想而已。 請問各位,可以問問是我哪邊出問題嗎? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 42.76.130.67 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1499764939.A.BA0.html
joseph103331: 我是在想 你的primer前面怎麼沒有多幾個bp? 07/11 17:46
joseph103331: 這樣能切嗎? 然後我去google T vector,查到pGEM-T 07/11 17:47
joseph103331: 可是上面沒有BamHI阿... 07/11 17:47
lail: 單獨切試試? 07/11 17:52
lail: 然後定序,看一下enzyme site是不是正確 07/11 17:53
ampicillin: NotI前面不加mer是切不下來的喔 (NEB說的) 07/11 18:32
ampicillin: https://goo.gl/JadSUX 這裡有參考表格 07/11 18:40
ampicillin: 啊我目小沒看到TA cloning 07/11 18:42
xxtomnyxx: 推定序,另外確認下你的酵素是不是 HF 版本的 07/11 18:44
ganbaba: 試試用TA附的F&R primer p出來再切然後接到你的載體吧 07/11 18:52
Ianthegood: 兩個都沒切嗎?還有沒有supercoil的plasmid? 07/11 19:04
blence: 看到3.1buffer的用法,會讓人覺得整組實驗有問題 07/11 19:08
xxtomnyxx: 欸等等!?你不是把總體積補到 50?是直接下50 uL 的 07/11 20:53
xxtomnyxx: plasmid 下去? 07/11 20:53
tynse71864: 2ul會不會太多@@ 07/11 21:25
tynse71864: enzyme 07/11 21:25
ampicillin: 但咧,你那個buffer體積怎麼...不是1/10? 07/11 21:54
tanya1993: blence 我是用NEB double digest finder 去查他倆的最 07/12 00:04
tanya1993: 佳buffer的,還是要用哪個比較妥當嗎? 07/12 00:04
tanya1993: xxtomnyxx 因為想要大量切膠回收,所以就把抽到的質體 07/12 00:06
tanya1993: 直接全切下去,我第二組條件就有把buffer用1/10的比例 07/12 00:06
tanya1993: 下去了 07/12 00:06
tanya1993: 今天有嘗試分別切切看了,決定先放overnight看看 07/12 00:12
tanya1993: ampicillin 想問一下,因為是初次接觸重組基因這塊, 07/12 00:17
tanya1993: 當初在設計primer,我其實還未了解限制酶前面要多加mer 07/12 00:17
tanya1993: 這觀念,因為看之前學長都沒有加而且有順利切下,所以 07/12 00:17
tanya1993: 覺得沒有影響。那請問是因為有Tvector的關係所以才不 07/12 00:17
tanya1993: 用額外加其他mer嗎? 07/12 00:17
blence: 第二次,如果50ul是plasmid體積量,那還是不符合1/10 07/12 00:19
blence: 第一次的digest如果不是錯字,基本上不該出現這的做法的 07/12 00:21
blence: 會採用不符合1/10的操作,暗示整個cloning過程會有未知錯誤 07/12 00:24
blence: RE site後面多加mer的部分,因為你用TA,這不需要煩惱 07/12 00:25
blence: 反而是為了配合TA而用Taq時,未訂序直接往後做怕會有mutant 07/12 00:28
blence: 還有就是老問題了,文中標示總量或濃度比較能看出問題, 07/12 00:29
blence: 而不是體積;另外cloning的試劑,有廠牌訊息也方便辨識 07/12 00:31
blence: 還有><,你查到的NotI只對CpG敏感,用DH5a完全不用擔心這個 07/12 00:33
lail: 其實切得動的話,放1小時就會切了,不需要到O/N,尤其你又只 07/12 07:34
lail: 是要測試而已 07/12 07:34
huuban: 有沒有測濃度啊?會不會太濃了然後buffer量又不對? 07/12 23:52