[求救] 使用Galaxy無法input reference genome

[keroromoa (夏天一到就凸顯自己很魯)]

小弟目前正在使用Galaxy proteogenomics進行分析測試，

由於不確定Galaxy能夠input多大的data，

所以目標是在實驗室架設主機，將Galaxy tutorial的workflow複製到實驗室的server

http://js-157-167.jetstream-cloud.org/　（需要註冊才能查看tutorial workflow）





將workflow所需要的tool全部都安裝完後，

發現大多數的tool在select a reference genome(annotation)全都顯示空白，如附圖所示




紅框中，Galaxy主機在各個tool的reference genome(annotation)中都有出現相關的索引

http://imgur.com/NoNNgFe
http://imgur.com/RIgFN6f
http://imgur.com/SWYyas8


綠框中，實驗室的主機在各個tool的reference genome(annotation)中都呈現空白

http://imgur.com/gahVZAX
http://imgur.com/Ne5quYH
http://imgur.com/KSxIpr4



接著參考這個教學，https://goo.gl/QCxU9e，用data manager來建立built-in genomes

可是按照教學先從UCSC/NCBI存在的資料庫import進去，

不管怎麼修改DBKey或accession number都是無限error

http://imgur.com/jCHi0Xt

於是自己從UCSC下載hg38 fasta file，用new的方式import

http://imgur.com/Tm54uhG

雖然成功了，但是workflow相關的tool（Bowtie2、BWA）卻依舊No options available

http://imgur.com/YipCPjW
http://imgur.com/44HRLNN



在只能用遠端連線而無法動主機在linux上輸入指令的情況下，

請問各位前輩還有什麼方法能解決嗎？

雖然裡面有說請直接聯繫Galaxy，

可是那個意思看起來比較像如果題目較冷門找不到reference genome可去聯繫，

不過我想要的reference genome只是很基本的human GRCh38（hg38）啊...謝謝大家~

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※ keroromoa:轉錄至看板 BioMedInfo                                 08/22 13:25
推 lingon: 有能力自己寫就不要浪費時間在自己架galaxy 上面
推 lingon: 寧可花時間在docker, wdl, cwl
推 lelojack: 我很早期使用Galaxy,不過依我經驗 dbkey用hg38是滿危險
→ lelojack: 就像我們命名變數，不會用if/or/for 一樣