[求救] RNA seq DEG分析

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大家好最近在分析轉錄體資料有一些疑問

實驗室之前有做RNA-seq，留下了database
物種為沒有reference genome的魚類，實驗流程為
sequencin >> De novo assembly(trinity) >> Bowtie2跟RSEM進行定量


目前想從資料庫撈某幾個有興趣的基因，看表現量上的差異


但分析後發現，同一個annotation的結果會對應到不只一個unigene
上網爬文有找到別人也有類似的問題
https://www.google.com.tw/amp/s/www.researchgate.net/post/Why_do_I_get_multipl
e_contigs_with_same_annotation_in_transcriptome_analysis/amp
討論串的回覆是有可能為isoforms，或來自同個基因的不同片段
可以用軟體的方式來解決這個問題。


我的問題是：

1.可以取片段長度最長unigene當作代表嗎?
2.是否一定要用其他軟體分析?



我是覺得利用其他軟體進行分析(目前知到的有Corset)會比較好
但目前無法獨自完成
不知道大家有沒有甚麼建議或是其他辦法
目前對生物資訊還不太熟，再請大家不吝指正
非常感謝!

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※ 編輯: wy90241 (140.121.71.219), 12/25/2017 23:36:35
推 lelojack: 可能是isoform/gene duplication,  生物資訊是一種分析
→ lelojack: 策略，在genome未知之前，軟體跟挑選策略都是間接證據
推 lelojack: 所以論文都不會講怎麼挑選，因為講明了只會製造更多紛
→ lelojack: 爭，倒不如用其他證據證明挑的是正確
推 lelojack: 1.用片段最長的當代表是常用的做法,  只要後續的實驗或
→ lelojack: 推論合理即可  2.在Genome未知的狀況下，沒有軟體可以
→ lelojack: 提供正確答案
→ wy90241: 了解，感謝L大的建議與討論!
→ wy90241: 就想說奇怪，看了好幾篇論文怎麼都沒說是用什麼來當判定
→ wy90241: 的標準，感謝解惑！