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目前用exiqon RNA isolation kit, 照上面建議的protocol DNase(biolab) 0.375U/uL,25 -30度反應20分鐘,和37度10分鐘(biolab建議),出來的gel還是有gDNA。 想問是還要拉長時間還是濃度增加?我是要for miRNA,抽了好幾匹組織還是有gDNA污染,想 請大家幫幫忙。 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 42.72.190.149 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1524622153.A.5A8.html
lingon: DNase用多了會影響RNA品質,可以考量下游的試驗需要多純的 04/25 10:30
lingon: RNA再決定如何處理 04/25 10:30
xxtomnyxx: 抽 RNA 有 gDNA 參雜其實很常見,主要是看你後續的實驗 04/25 14:14
xxtomnyxx: 會不會被 gDNA 干擾,不會的話就可以不理它 04/25 14:14
joseph103331: gDNA很難完全去除,所以control會一大堆 04/25 14:16
joseph103331: 主要原因之一就是排除gDNA的訊號 04/25 14:16
linpooh1029: 我是用在miRNA qpcr, primer 設計辨認poly A,但我們 04/25 15:25
linpooh1029: 是認為g DNA上也會有會影響到 04/25 15:25
linpooh1029: @lingon 我出來的DNA量在gel都是多於RNA的QQ 04/25 17:47
xxtomnyxx: miRNA qPRC primer 怎麼會設計在 polyA 上? 04/25 18:53
linpooh1029: https://i.imgur.com/HaoxHs8.jpg 04/25 19:03
linpooh1029: 我們miRNA也是用kit的 04/25 19:03
joseph103331: 同樓上問題 04/25 19:04
joseph103331: polyA感覺是自己加上去的 04/25 19:06
xxtomnyxx: 嗯,你放那張圖不妥,省略掉 polyA polymerase 的處理 04/25 20:31
xxtomnyxx: 會讓人困惑。 04/25 20:31
xxtomnyxx: 從這個實驗的原理看來 gDNA 理論上不會有影響。你要是 04/25 20:37
xxtomnyxx: 真的擔心會有影響,就做幾次拿少量你抽的 RNA 用 RNase 04/25 20:37
xxtomnyxx: A 處理過再做一樣的 polyadenylation、RT 和 qPCR。 04/25 20:37
xxtomnyxx: 測不到訊號就表示不會有影響。 04/25 20:37
xxtomnyxx: 另外,column 抽 RNA 真的要抽得很爛才會 gDNA 比 RNA 04/25 20:39
xxtomnyxx: 多,一般這都是表示你 sample over loading 了 04/25 20:39
huuban: 看你的樣本吧..如果是非模式物種真的甚麼怪事都會有的 04/25 21:45
huuban: 我以前玩LNA miRNA qPCR的DNase是用別的牌子做的 04/25 21:46
huuban: 吃不乾淨我們會再吃一趟,通常兩趟會乾淨的 04/25 21:47
linpooh1029: 這圖是kit附的哈哈, 他是後來加上polya沒錯,但就 04/25 21:59
linpooh1029: 是怕那段reverse primer會跑到gdna,不知道前輩們覺 04/25 21:59
linpooh1029: 得有沒有可能QQ 04/25 21:59
linpooh1029: 我是抽mice embryo 現在是拿embryo不要的部位測試ki 04/25 22:01
linpooh1029: t。 04/25 22:01
linpooh1029: 謝謝各位大大的幫忙QQ 04/25 22:01
bioresearch: Biorad好像有kit可以解決,業務推過,問問應該有 05/29 22:27