作者yp1369 ()
看板Biotech
標題[求救] Gene id 類型
時間Wed Apr 25 16:24:48 2018
各位大大好,小弟剛跨入生物資訊領域,
在看一個enhancer-gene interaction資料庫時,
不是很清楚其中的gene id欄位為何,
http://enhanceratlas.org/download.php
其內容大致如下:
chrX 153597160 153598700 91814 chrX 153607985 ENST00000492448 ...
chr1 1499170 1500150 116 chr1 1243947 ENST00000379031 ...
有找到欄位說明:
http://enhanceratlas.org/Data_format_EP.txt
對於第4欄的id,試著用NCBI id查詢但對應不到,
不知道是否enhancer有常用的id表示?
感謝!
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.112.4.206
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1524644693.A.AA6.html
推 lelojack: Gene ID - A number taken as the gene id @@ 04/25 21:55
→ lelojack: 我測試過 應該不是常用的資料庫而且說明寫得很曖昧 04/25 21:56
→ lelojack: 建議用後面ensembl Transcript id來對基因名稱 04/25 21:57
→ yp1369: 好喔!感謝 04/26 00:31