[求救] ChIP兩組蛋白量不同

[suhs ( )]

想請教各位（可能是個笨問題 但我查了好久好像沒看到類似的討論）

我有wt和ko兩組 想看某個transcription factor在這兩組裡對於target site binding的
變化

但有個小問題是在ko組 這個transcription factor的量可能稍低 雖然western看起來差
不多 但mRNA稍低

如果我放的antibody量足以抓住所有的TF 這樣我看到在ko組有binding下降的現象似乎會
被質疑是本來TF量就少？

還是理論上antibody不會抓到所有的protein 所以我抓下來的TF理論上是一樣多？

還是我想太多= = 先感謝大家

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→ Ianthegood: 可以定量Ab跟蛋白啊 不過一般ChIp投的Ab都遠超過蛋白
→ Ianthegood: 量吧 雖然kinetics沒有考慮進去 請ChIP大指正
→ Ianthegood: 我覺得你想太多
→ blence: Ab不會抓到所有protein,至少一般1.5ml vial的操作應該不行
→ blence: target site沒意外的話,在單一細胞genome只會有2個site
→ blence: 如果TF量在兩株細胞只是些微差異,應該不影響ChIP的結果
→ blence: 而且實際操作上,ChIP-PCR如果只是10-20%差異,你也不敢用
→ blence: 畢竟多了amplify,要相信wt與ko不同,至少要看到倍數差異
→ suhs: 感謝樓上兩位的解答 ChIPqPCR出來兩組差異是挺大的 這樣我
→ suhs: 更有信心了！