→ xxtomnyxx: 你怎麼會想選一篇你看不懂的 paper 報 seminar XDDD 10/14 17:22
我本來以為我看得懂T_T 看下去之後發現第一個技術看不懂 但我已經看下去了...
重點是這篇跟我研究有點關係，所以我也不想放棄他QAQ
→ tynse71864: 勇於挑戰人生 (？ 10/14 17:23
→ xxtomnyxx: 這篇 paper 難就難在第一個技術，看懂了就通了。這個研 10/14 17:25
→ xxtomnyxx: 就我很有興趣，看我能不能在今晚把它看懂吧w 10/14 17:25
※ 編輯: kikko1805 (140.112.52.172), 10/14/2018 17:32:10
→ Ianthegood: 哎呦我們系上發的耶XD 略讀了一下 兩個軸分別是NCAP- 10/15 05:42
→ Ianthegood: 跟HT-selex 用TF做correlation? 10/15 05:42
→ Ianthegood: library就是一堆3-mer的nucleotide 序列已知 10/15 05:43
→ Ianthegood: sorry亂看 好好讀了再回 10/15 05:49
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→ Ianthegood: 1b左邊那個是把一條DNA拆成一堆3mer一字排開做成xy軸 10/15 06:23
→ Ianthegood: 排出有相關的兩個3mer 再把所有DNA的heatmap疊起來 10/15 06:24
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這段還是有點不懂QQ
是指說我把所有某個TF定序到的ligand，拆成一堆3mer，然後計算這些3mer兩兩之間的相關性
(例如當ATG出現時，TCC有90%的機率會出現)
再把兩種3mer放在MI圖xy軸的library上，去計算這兩種3mer在位置上的相關性...嗎？
→ Ianthegood: 所以左下到右上的對角就會是nucleosome必然的相關性線 10/15 06:26
→ Ianthegood: 假設binding發生在1-6nt或是10-15nt, 就會在pos1-1 10/15 06:27
→ Ianthegood: pos2-2跟pos1-4 pos2-5這樣 10/15 06:27
→ Ianthegood: 越往裡面就是兩個有相關的3mer隔越遠 所以推論是TF 10/15 06:28
→ Ianthegood: 右邊是把左圖次數最多的match抓出來, 因為nucleosome 10/15 06:33
→ Ianthegood: 專一性很低會亂抓, 所以只要抓次數最高的就是專一性高 10/15 06:34
→ Ianthegood: 就能把nucelsome的訊號filter掉 10/15 06:34
※ 編輯: kikko1805 (140.112.52.172), 10/15/2018 09:31:13
推 asdfgpooh: X軸、Y軸的意思應該是把那段DNA分成3-mer一組，heatmap 10/15 12:20
→ asdfgpooh: 顯示的是不同組3-mer之間的相關性，用Enrichment-MI處 10/15 12:20
→ asdfgpooh: 理之後，filter掉nucleosome的訊號 10/15 12:20
→ Ianthegood: 每一條序列都拆成3mer的小片段 同時鋪開成xy軸 所以xy 10/15 17:45
→ Ianthegood: 軸基本上是一樣的 10/15 17:45
→ Ianthegood: 每個序列都有自己以所有TF跟nucleosome做成的一張heat 10/15 17:46
→ Ianthegood: map 10/15 17:46
→ Ianthegood: 把所有的heatmap疊起來 又是1b右邊 10/15 17:46
→ Ianthegood: heatmap的做法是 只要有任何TF或nucleosome同時抓到 10/15 17:51
→ Ianthegood: 兩段3mer 這個interaction就會在map上加深顏色 10/15 17:51
推 GG810424: 你可以直接寄信問作者，通常都會願意回，除非不是他做 10/17 02:46
→ GG810424: 的。不願意不是太忙就是極大可能他心裡有鬼，又或是他 10/17 02:46
→ GG810424: 表達的不夠清楚，審理的人也看不懂就讓他過了。 10/17 02:46
→ Ianthegood: 他寫的其實沒有不清楚 只是在supp裡面還用數學公式表 10/17 07:14
→ Ianthegood: 示 而且他應該滿忙的XD 10/17 07:14