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看paper時看到一個RNA pull down assay的技術 餵狗之後大部分都是看protein-protein interaction的pull down 只有在到thermo官網看到RNA pull down assay的簡介 不太懂的是這個技術到底是從已知的RNA去找未知的protein 還是兩者都未知 然後magnetic bead是用磁力把他抓下來還是?? 謝謝各位大大 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 182.234.150.22 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1555251562.A.758.html
GG810424: 您的理解要從兩面向思考您會更清楚,RNA 已知,形成RNA 04/15 02:19
GG810424: protein complex. 怎麼找未知protein ?MS Protein ID 04/15 02:19
GG810424: Protein 用已知的,然後將Protein RNA complex 抓下來, 04/15 02:23
GG810424: coat on beads ,然後去把RNA序列解出來,但是未知的RNA 04/15 02:23
GG810424: 要怎麼定序,這就不清楚了,沒有primer 的序列無法放大 04/15 02:23
GG810424: 那個未知的片段。 04/15 02:23
Ianthegood: 樓上 通常這種抓下來會ligate上dna oilgo再pcr送ngs 04/15 03:06
Ianthegood: 兩種都有 現在也開始有系統生物學方法開始大規模看全 04/15 03:08
Ianthegood: 部的RNP 04/15 03:08
Ianthegood: beads最常見是coat streptavidin, magnetic只是方便你 04/15 06:11
Ianthegood: wash, 用一顆磁鐵就可以拉下來不用離心 04/15 06:11
Ice9: 這技術主要是以已知RNA為象去抓下RNA-protein complex中的東 04/17 01:12
Ice9: 西。細節要看M&M上的描述。一般是看complex上有哪些proteins 04/17 01:14
Ice9: protein-protein interaction 的pull down用不到RNA。 04/17 01:16
Ice9: https://bio-protocol.org/e2062 看看這個有沒有用 04/17 01:28