→ jjlee: 純度很高,傳統法的產率不太受降解影響。 提高細胞量增加 04/22 22:32
→ jjlee: 到10Λ6應該就ok了04/22 22:32
但是之前的組別只需要8組樣品就能收到,此次數量多2組又質量不足,實在想不透
※ 編輯: forever430 (58.114.139.73), 04/22/2019 22:58:26
推 qiet: Trizol效期? 環境Rnase清潔?
04/22 23:54
謝謝Q大,效期的部分明日會確認看看,東西移出操作台後,使用的器具跟桌面都有使用7
5% E
tOH/DEPC擦拭
→ jjlee: 細胞定量法是否真的準確? 細胞類型跟之前是否一樣? 產04/22 23:56
→ jjlee: 量降到之前的多少%? 試劑(包含DEPC水)是否都是相同的sto04/22 23:56
→ jjlee: ck? 定量用的cuvette是否相同? 是否能找到Nanodrop測定?04/22 23:56
謝謝J大,關於細胞數量部分,樣品處理前會使用光學顯微鏡觀察,細胞密度看起來跟以
前沒太大差異,先前8組樣品一起收下來的RNA約600-750ng/ul,總體積一樣回溶在10ul,
回溶後我都固定存放於-80冷凍2天再進行分析濃度,分析完後直接轉cDNA。
DEPC water、 Chloroform 、isopropanol都是室溫保存,但之前存放Trizol的冰箱故障
,不知道是否有影響?
分析濃度是以nanodrop,取出樣品1ul進行分析,分析前先以DEPC water當blank,所以之
前的濃度在分析完後剩下9ul,是足夠5ug進行後續cDNA步驟
分析的儀器如圖片,廠牌Microdigital
https://i.imgur.com/FnZ9iBh.jpg
※ 編輯: forever430 (58.114.139.73), 04/23/2019 00:11:41
※ 編輯: forever430 (58.114.139.73), 04/23/2019 00:12:32
※ 編輯: forever430 (58.114.139.73), 04/23/2019 00:20:09
→ jjlee: 之前Trizol加入後是否還需要刮? 一般細胞Trizol加入後就04/23 00:39
→ jjlee: 溶掉了04/23 00:39
之前沒有刮耶,都是pipette沖一沖就好
※ 編輯: forever430 (58.114.139.73), 04/23/2019 01:07:15
推 tynse71864: 我想問一下 ,轉 cdNa 需要 5ug 是實驗要求還是按照步04/23 09:03
→ tynse71864: 驟? 04/23 09:03
推 tynse71864: 我之前100ng 都轉完上 RT 成
功惹 04/23 09:05
T大,我是按照實驗步驟,細胞實驗是到合作實驗室進行,轉cDNA的步驟是依照對方給的
。我好像看到一線希望@@
※ 編輯: forever430 (58.114.139.73), 04/23/2019 10:16:52
目前沒步驟,印象是oligo dt 1ul 、10mM dNTP 1ul、總共5ug RNA、剩下不足體積
以DEPC water補滿,總體檢13ul。
※ 編輯: forever430 (58.114.139.73), 04/23/2019 10:21:16
→ jjlee: 之前沒有刮耶,都是pipette沖一沖就好 →→ lysis有問題,04/23 10:42
→ jjlee: 細胞未完全溶解,RNA抽不出來04/23 10:42
J大,之前的方式是反覆吸取沖一沖,是可收到足夠量,直到出現第一次濃度過低後,我
第二次再重複一次也是如此,第三次使用刮棒重複刮個3-4次,刮棒都有去沾trizol再去
刮樣品表面
※ 編輯: forever430 (58.114.139.73), 04/23/2019 11:09:07
推 as862437: 轉cDNA的kit是?5ug 的總量滿高的了,目前實驗室SSIII04/23 18:17
→ as862437: 都只用 1ug 轉04/23 18:17
首先第一步是加入下列試劑
1ul Oligo dT
1ul 10mM dNTP
DEPC water(最後看差多少體積補足到13ul)
5ug的RNA
總體積:13ul
最後加入的試劑如下:
5x first strand reaction buffer: 4μl
0.1M DTT: 1μl
RNase out: 1μl
Super Script III (SS III): 1μl
總體積為20ul
再放進機器去跑
※ 編輯: forever430 (140.116.159.183), 04/23/2019 18:51:50
推 sarusama: 你們RNA量加太多了,RNA超過1ug會出問題,導致最後RT出來 04/23 21:25
→ sarusama: 的cDNA量參差不齊,1ug?1.5ug?2ug? sample的cDNA濃度不同 04/23 21:25
→ sarusama: cDNA是用來做其他實驗就算了,如果是用來做qPCR會有誤差04/23 21:26
推 tynse71864: 建議上網直接找 ssiii的步驟啦~ 口耳相傳的步驟很容04/23 22:07
→ tynse71864: 易出問題 XDDD04/23 22:07
忘了說明後續是做reverse PCR,感謝大家的意見
※ 編輯: forever430 (223.138.55.87), 04/24/2019 00:50:53
推 ChloeClark: RNA dry太乾了? 04/25 22:13
推 huuban: SSIII下5 ug不會太多啊, 而且問題根本不在這裡吧XD 04/26 00:28
→ huuban: 看起來不太像降解, 因為RNA碎片也是有濃度的喔XDD 04/26 00:29
→ huuban: 比較可能是操作上失手了, 例如C大說的dry的時候 04/26 00:29
→ huuban: 之前碰過容易殘留DNA的樣本~技術越熟練抽完濃度還越低.. 04/26 00:32
→ huuban: 發現是因為殘留的DNA越來越少的緣故 04/26 00:34
推 ChloeClark: 如果同樣的步驟跟樣本,之前做很好,現在做不休,除了 04/26 07:22
→ ChloeClark: 是否dry太乾之外(rna乾掉不溶於水),最好重新確定一 04/26 07:22
→ ChloeClark: 次自己的試劑濃度沒有問題,之前碰過有人wash rna用 04/26 07:22
→ ChloeClark: 的酒精濃度跑掉,洗之前看得到pellet,洗完pellet不 04/26 07:22
→ ChloeClark: 見,定量的濃度永遠都很低。 04/26 07:22
推 greenwind: 建議買抽RNA的kit,自此之後細胞量可不用多,quality提 04/29 00:12
→ greenwind: 高且穩定 (旭基的,記得每一sample不貴) 04/29 00:12