[求救] 有關找出co-expressed genes的方法

[premire (熱騰騰的泡麵)]

各位版上專業大大好

想請教如果有找到一個candidated gene 並且想用bioformaticsz方式運用

線上專業資料庫(如TCGA)下載microarray data

如果手邊已經有以上資料

要如何找出與candicated gene 有co-expression的相關genes呢?

(看paper是以heatmap或 network呈現，實在很想學)


謝謝QQ

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推 ampicillin: co-expression是什麼意思？
→ premire: 共同表現的基因
→ blence: TCGA剛好不是array data
推 huuban: 把各基因的表現量變化用統計方式計算相關性就是了
→ huuban: 簡易的network只是把有相關性的兩個基因用線相連而已
→ Godkin: Try WGCNA
推 lingon: TCGA有array跟RNASeq,最常用的事WGCNA,不過你想要回答什麼
→ lingon: 什麼問題....
推 lelojack: 其實這個問題沒這麼罪不可赦，只是你不懂怎麼問生物資訊
→ lelojack: 的問題，首先你如果有excel可以看相關性（Pearson or sp
→ lelojack: earmen ），找出相關性的基因配對再用cytoscape做網路，
→ lelojack: 或者用clust3.0做heatmap， 這些工具我已經點出關鍵字，
→ lelojack: 細節跟技巧需要你自己尋找。這就是專業。
→ fallensam: 感覺這不是三言兩語可以解決的問題 沒碰過生資不要問我
→ fallensam: ?