[求救] 請問k-nearest neighbors圖該怎麼判讀

[yaes111 (顆顆)]

最近看了一篇paper

(PMID: 31257031 DOI: 10.1016/j.cell.2019.05.054)

Results的部分有許多kNN graph

查詢了一下發現kNN算是一種演算法

但是找了些資訊還是不太懂該怎麼判讀它的結果

這邊是看immune cells

我自己理解為是在看這些immune cells在此篇研究中的處理後

細胞間相互關係是否改變

但看了看結果圖又總覺得跟我的理解不同

1. https://i.imgur.com/CosBTtL.jpg
2. https://i.imgur.com/KJQrRNF.jpg

像圖1.D及2.C就是在看給予更長週數的HFD後

會表現更多的macrophage

就如圖上綠點增加這樣

我這樣理解是正確的嗎?

還請各位不吝指教

感謝!








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推 tynse71864: 那天聽完演講，但不知是否都正確，有請其他人補正惹
→ tynse71864: 他是用scRNA-seq 跟Barocde-polydT去分辨不同族群
→ tynse71864: (由於每種cell type表現的RNA都有差異，可以這樣做)\
→ tynse71864: 你的判讀是對的: HFD後MΦ上升，Treg跟ILC下降
→ tynse71864: 就看哪一區點點變多變少來決定
推 tynse71864: 我倒是看不懂2C的heatmap  qq求救
推 lelojack: 原來knn可以分這麼好啊
→ blence: 2C應該不是簡單的說microphage增加,而是某express cluster
→ blence:                   macrophage
→ blence: 的macrophage增加,如果只是要看macrophage數量,直接用FACS
→ blence: 就好,所以是HFD侷限的改變特定細胞內的基因表現
→ yaes111: 所以真的只是看點點跟群聚 我當初還很困惑哈
推 lingon: knn 是clustering algo, plot 大概是用tSNE