推 lelojack: 記憶體不足。multiple alignment很吃記憶體03/18 13:58
→ lelojack: 你可以看看你的記憶體是不是滿的03/18 13:58
→ lelojack: 而且就算拼出來。你也看不懂03/18 13:59
→ lelojack: 建議你去對特定基因比較好03/18 14:00
了解,那請問要多少記憶體才夠?
想說換一台電腦試試,
如果真的不行再切特定序列。
※ 編輯: KeMBaWallKer (101.13.233.85 臺灣), 03/18/2020 14:08:36
推 jabari: MUSCLE... 不過跟你老闆講 現在一堆人在跑這個 等兩天去bi 03/18 14:56
→ jabari: oxriv撈就有分析結果 03/18 14:56
推 lelojack: 粗估一張20K Genome pair alignment matrix表格占3Gb, 03/18 15:13
→ lelojack: 你要算400*399/2張表格,不過MLA演算法可以分批跑不用加 03/18 15:13
→ lelojack: 起來,考慮到你電腦也有背景使用記憶體,我覺得RAM16G 03/18 15:13
→ lelojack: 應該可以,剩下就是跑8萬張表格的時間 03/18 15:13
推 lelojack: 更正MSA method 03/18 19:27
推 Ianthegood: 釣出一堆神人XD 03/19 00:39
→ Ianthegood: 推去arxiv撈啦 人家都用cluster跑alignment跑樹的 03/19 00:40