[求救] 抽酵母菌RNA有太多small RNA

[adamada (soso)]

 各位前輩好，

 最近利用Trizol抽酵母菌的RNA，再跑native的agarose後發現28S跟18S很不明顯且有

 很大一個5S RNA。 Nanodrop的數值都是正常，濃度約1ug/uL、260/280是1.9

 260/230 都大於2。想請問是哪裡有降解嗎?

 簡略步驟

 1. 50 mL的酵母菌液離心後跟1 mL Trizol跟0.2 uL 玻璃珠混合。

 2. 5次30 s vortex (中間有插在冰上至少1 min)

 3. 兩次chloroform 萃取 (200 及 400 uL)

 4. isopropanol 沉澱 (15 min on ice) 及兩次70% ethanol 清洗

 5. 用100 uL DEPC水回溶

 麻煩各位解惑了。

 圖:https://imgur.com/S57oLZp
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※ 編輯: adamada (140.112.60.6 臺灣), 04/01/2020 16:05:50
推 Ianthegood: 看起來還ok啊 做下去啊
→ Ice9: 步驟1的yeast培養狀況是怎樣？步驟2，我們不會直接拿酵母菌
→ Ice9: 液去抽
→ adamada: 可能沒有寫好，是拿離心後的pellet 再加1mL trizol
推 patricksky: 後續要做甚麼分析? 沒有要定量的話 就繼續往下做囉
→ adamada: 後續要做qPCR...其實是想問那個環節可能有錯
推 patricksky: 70%酒精 有用DEPC-水配置嗎? 可能水有RNase
→ patricksky: 70%酒精儲存在-20度C 強化RNA沉澱 不要被洗去太多
推 bioowen: 小片段好像很多，都被切碎了？