[求救] metagenomic 菌相分析

[tim01boy (foxball)]

小弟為NGS的新手
過去為了分析樣本中的抗藥性基因
已做了whole genome sequence

若想知道樣本中的菌相
是否可用之前的資料去比對資料庫
還是必須再進行16S rRNA gene的NGS才可得知

謝謝大家

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 223.136.133.61 (臺灣)
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※ 編輯: tim01boy (223.136.133.61 臺灣), 02/22/2021 11:59:42
推 Godkin: 直接比對就好啦？
推 hwjuranus: 分析基因  你做的可能是 metatranscriptomic seq
→ hwjuranus: 如果能轉成 OTU table 就能看菌相
推 Godkin: 分析抗藥性基因可以不用做metatranscriptome定序的
一時想太複雜 謝謝你
原本在想抗藥性基因的定量 要用16s標準化結果
→ Godkin: 原本的metagenome定序資料足矣
※ 編輯: tim01boy (220.135.48.4 臺灣), 02/22/2021 21:38:49
※ 編輯: tim01boy (220.135.48.4 臺灣), 02/22/2021 21:39:58
推 lelojack: https://reurl.cc/1g1dEY 用你的數據+這個工具做就好了
推 hwjuranus: 感謝 G 大解釋 是用picrust 之類的轉換再看嗎?
推 cutecutepig: 從WGS裡面輸出每一條16S rRNA就可以知道菌相