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小弟我大學生 最近實驗室開始在進行第三代定序的東西 雖然有送樣本去分析 但回來的結果不太知道要怎麼處理 有推薦的軟體嗎 有上過網查過Pacbio的軟體 但好像是用不是windows或是Mac os 所以不太清楚怎麼用 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 42.73.150.147 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1621389062.A.BDC.html
lelojack: 你要先說是DNA RNA Meta吧。很多工具可以做三代定序分析 05/19 12:22
Godkin: 分析三代定序資料很簡單啊~ 05/19 12:29
july81212: terminal 05/20 13:29
serotoninUP: 看你要做哪種分析跟哪個定序平台。但不論如何,學會L 05/21 23:30
serotoninUP: inux會方便很多,很多軟體都只能用Linux 05/21 23:30
lelojack: 也不一定要學Linux,直上docker了啦 05/22 00:00
nm768417: 我有用過meta G分析,但後來再把它分析出來的結果拿去bl 05/22 16:30
nm768417: ast之後,發現沒辦法比對到,也就是說meta G判讀出來的 05/22 16:30
nm768417: 序列歸類並不是跟NCBI上給的序列一樣 05/22 16:30
lelojack: 這樣的敘述仍有不少發散的步驟,但最有可能問題是NCBI 05/23 05:41
lelojack: 的物種資訊跟metaG用的資料庫不同,你需要確認metaG用 05/23 05:41
lelojack: 的資料庫 05/23 05:41
nm768417: 由於是比對病毒,所以我用metaG上給的ICTV的病毒資料庫 05/25 17:50
Godkin: 三代定序資料的前處理很重要 05/25 19:08
nm768417: 那前處理的部分是要怎麼做 05/26 18:00
Godkin: 這要看你的三代是哪家的三代囉 06/07 12:23