[求救] DNase I 與NGS關係

[IFN113 (CY)]

當初抽RNA以及建庫的時候沒有加入DNase I
請問定序出來分析的結果有可信性嗎？或者說能怎麼調整呢.....

當初沒有加是抽RNA KIT的廠商說不用加也沒影響的........
但後來因為RNA QC不佳有多做RNA Clean Up.......

現在不曉得DNA會不會干擾到RNA分析.....謝謝.... TAT

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 39.15.57.61 (臺灣)
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→ Bows: 沒有做O/E的話不太會抽到dna
※ 編輯: IFN113 (39.15.57.61 臺灣), 06/27/2024 16:21:20
→ blence: 真的嗎? 如果是,一般RT-PCR何必在意primer有無跨intron
→ xxtomnyxx: 會不會有DNA污染要看你用的Kit是哪一種；會不會有干擾
→ xxtomnyxx: 要看你的 RNA-seq 廠商是怎麼做的
→ maurice9325: 應該是有的基因沒有intron，且不是每個probe都跨intr
→ maurice9325: on？如果怕自己手殘直接花錢請待抽，才不會想東想西
→ maurice9325: ，老闆也少一個藉口。
推 tharaohfu: DNA會影響RNA-seq的...先確定sample裡的DNA汙染程度
→ tharaohfu: 看個Fragment分析就知道了。也要問一下你的RNA-seq是否
→ tharaohfu: 可以排除DNA汙染 很久沒碰了 或許現在新技術可以無視XD
推 dubius: 我很想知道o/e是什麼意思
→ xxtomnyxx: 通常是指 over expression，丟plasmid進細胞，plasmid
→ xxtomnyxx: 在早期copy number會很高而且plasmid的大小讓它很容易
→ xxtomnyxx: 混在RNA裡面
推 penguinbb: 如果你rna-seq library 有做polyA selection 那應該是
→ penguinbb: 不用擔心DNA的問題
推 kaoruotsuki: 你的情況通常不用管DNA的問題