[期刊] 投稿經驗 Nature Communications

[biolenz (lenz)]

1. 領域：Biology

2. 期刊名稱：Nature Communications (2015 IF: 11.47)

3. 被accepted/revised/rejected：Accepted

4. 投稿後大約多久才收到結果：

        Manuscript submitted            2015-02-11
        Manuscript under consideration  2015-02-12
        Manuscript with reviewers       2015-02-17
        Awaiting resubmission           2015-03-31 (NCOMMS-15-02779A)

        Manuscript submitted            2015-06-30
        Manuscript under consideration  2015-06-30
        Manuscript with reviewers       2015-07-02
        Awaiting resubmission           2015-07-12 (NCOMMS-15-02779B)

        Manuscript submitted            2015-07-17
        Manuscript under consideration  2015-07-17
        Manuscript with reviewers       2015-07-20
        Awaiting resubmission           2015-07-24 (NCOMMS-15-02779C)

        Manuscript submitted            2015-08-03
        Manuscript under consideration  2015-08-03
        Accepted                        2015-08-07
        PDF proof available             2015-08-27
        Annotated proof sending back    2015-08-29
        Published                       2015-09-18

5. Reviewer的數目：2 (第一輪共 9 comments, 4 與 5; 第二輪 2 comments, 2 與 0)

6. 心得：

        這是博班主要的計畫，主要是定序一種海洋生物的基因體。隨著現在定序
        的價錢愈來愈低，基因體的文章也愈來愈不值錢了。最近在 Nat Commun 還
        看到一篇定兩種蝴蝶再加做 CRISPR (註1) 的，然後隨隨便便 scaffold N50
        (註2) 就跑到 1 Mb 以上，是想逼死誰...

        這個計畫從 2012 就開始做了，一開始是用 454 (現在公司已經收起來了)，
        後來加用 Illumina 的 MiSeq 跟 HiSeq，最後加了一點 PacBio。

        除了基因體的數據，我們也用了大量轉錄體，甚至蛋白質體。現在單一基因體
        的計畫要發好文章簡直比登天還難了。有些是定了超多不同個體，大概 2011
        到 2012 年左右之後是一個分水嶺，比如說：

        2013 年 Nat Genet:      兩種烏龜
        2013 年 Nature:         三種海洋無脊椎
        2014 年 Cell:           89 隻北極熊跟棕熊
        2014 年 Science:        20 隻兔子
        2014 年 Science:        48 種鳥 (Order genome project 包了鳥所有的目)
        2014 年 Nature:         四種絛蟲
        2014 年 Nat Commun:     兩種蜘蛛
        2015 年 Nat Genet:      三種海洋哺乳類
        2015 年 Nat Genet:      69 隻豬

        或者是一個基因體加很多不同的轉錄體：

        2013 年 Science:        一種櫛水母基因體 +  另外 10 種轉錄體
        2014 年 Nature:         一種櫛水母基因體 +  另外 9 種轉錄體
        2015 年 Nature:         一種章魚 + 12 個組織的轉錄體

        我們一開始也試投 Nature，但是三天就被退回來，建議轉投 Nat Commun。
        後來再試試看 Science，更快，兩天就退稿，建議轉投他們的新期刊
        Science Advances。這些期刊退稿手腳非常俐落，幾天到一週內就會有結果。

        附帶一提，根據投稿流水號，Nature 大概一天收到 50 篇投稿。Nat Commun
        大概是每天 70 篇左右。所以有非常大量的稿件基本上編輯自己看個兩下就
        下決定了。以 Nat Commun 去年的發文量大約在 3,000 篇來看，每天收到
        70 篇文章最後的接受率大約在 15-20%。

        投稿完的狀態，Nature 系列雜誌似乎喜歡用 Manuscript under
        consideration，基本上如果編輯喜歡這篇文章，送審時間會在一週以內。
        拿到 Manuscript with reviewers 表示這篇文章最起碼被送外審了。
        如果直接拿到 Decision sent to author 就是表示 GG 的意思。看一下
        信箱就會看到罐頭拒絕文。

        第一次審閱的意見大概一個半月回來，編輯給三個月時間修改。最後文章修
        了兩輪，第一輪非常快，10 天意見就回來了，搞定了 reviewer 2 的意見，
        表示可以接受。可是 reviewer 1 還不滿意，編輯又給了六週。但是我已經
        不想補那些實驗了，會沒完沒了。

        所以就補一些分析，然後 cover letter 跟編輯說明一下狀況。最後一輪，
        意見 4 天後就回來，reviewr 1 似乎也曉得我們的難處，也覺得我們的說
        明很合理，也就接受了。

        最後編輯給兩週的時間做一些期刊格式上的修改，另外上傳所有定序資料的
        原始讀取數據，我花了一些時間搞清楚怎麼把東西上傳到 NCBI，然後請 NCBI
        的人幫忙我們另外做一套基因體的註解 (NCBI 有一套他們的自動流程)。
        編輯要求的修正結束後，約 2-3 週的時間拿到 PDF 檔校稿，校稿完約再
        三週登出。

        距離投稿到登出來，大概七個多月，如果仔細看一下 Nat Commun 的文章，
        其實都搞蠻久的，大概平均也要半年的時間吧。感覺是不注重速度比較在乎
        品質的期刊。(我有另外一篇小的比這篇要晚投，晚修改，比這篇還早登出來。)
        附帶一提，2014 年 10 月以後所有投稿的文章都必須選擇 open access (OA)
        ，用 Creative Commons (CC) 4.0 License。發表費用是 5,200 美金
        約 17 萬台幣。是目前最貴的 OA 費用，不過我想如果文章被接受實驗室應
        該很樂意付才是。

        以上，一點心得分享。祝大家投稿順利。

註解：
        1. 近來很夯的 genome editing 技術，是大腸桿菌用來防禦病毒的免疫系統，
           經由人為修改之後可以使用一條 RNA (guide RNA) 跟 cas9 這個蛋白質去
           修改 DNA 的序列。

           詳細請看發明者 Jennifer Doudna 在 iBiology 的介紹：
           https://www.youtube.com/watch?v=SuAxDVBt7kQ

        2. N50 是基因體片段 (contig 或 scaffold) 從大排到小，加起來，到了一
           半基因體大小的那個基因體片段的長度。越長代表組得越好。

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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 111.107.60.147
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/PhD/M.1442684562.A.975.html
※ 編輯: biolenz (111.107.60.147), 09/20/2015 02:06:19
推 jabari: 恭喜...Nat Comm 不錯啊...
推 rssh0106: 唉唉，現在居然要收費@_@
→ Narcissuss: 屌哥耶 居然漲到11點多
→ IPSN: 搞半年再17萬 我老闆肯定起笑...
推 pathobasidio: 恭喜恭喜， OIST 這篇很不錯
推 stephenho: 恭喜，頂級刊物啊！！
推 basel: 很有用的資訊
推 FSGuitar: 17萬我一定謝謝再連絡了...
→ FSGuitar: CRISPR倒是連我這個非生科本科的人都知道 分生學的
推 liuse: N50不是真的越長代表組越好喔.. 但大家都會這覺得啦
→ liuse: BTW 恭喜恭喜... 有考慮要去哪博後了嗎?
推 tainanuser: 恭喜！
→ biolenz: N50 值是 NCBI 判斷基因體組裝品質的參數之一喔。我想樓
→ biolenz: 上說的是轉錄體？
→ biolenz: Assembly quality http://goo.gl/TuS9M0
→ biolenz: 關於博後：本來以為很清楚，但最近有點迷惘。先繼續衝ㄧ
→ biolenz: 下文章再說吧。
→ biolenz: 關於博後的考慮有很多，應該可以再另外寫一篇了。
→ biolenz: 大家給的意見都不一樣。需要時間消化一下。
推 liuse: 喔 對 我忘記你是說genome  對..genome越長越好當然
→ liuse: 學術:去美國...  業界：(我也不知道)
推 fieed: 博後如果有想出國，博後的頭兩年是申請fellowship的黃金時
→ fieed: 期。過了之後就會很辛苦。有興趣的話請參考我之前的文章。
推 KerryWood: 生科領域半年算快啦
推 jayroddick: 恭喜!!! 好文好期刊~
推 captdavince: 強者學長推
推 etw710: 恭喜 OIST耶!
推 jasonajaw: 恭喜!! 這很花錢耶 不是要負刊出費 要好幾萬..
推 Octopuster: 推 感謝分享
推 petang: 是 XXXXXXX Genome 嗎？很好的文章
修低調一點~
※ 編輯: biolenz (111.107.60.147), 12/12/2016 01:13:36