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1. 領域:Biology 2. 期刊名稱:Nature Communications (2015 IF: 11.47) 3. 被accepted/revised/rejected:Accepted 4. 投稿後大約多久才收到結果: Manuscript submitted 2015-02-11 Manuscript under consideration 2015-02-12 Manuscript with reviewers 2015-02-17 Awaiting resubmission 2015-03-31 (NCOMMS-15-02779A) Manuscript submitted 2015-06-30 Manuscript under consideration 2015-06-30 Manuscript with reviewers 2015-07-02 Awaiting resubmission 2015-07-12 (NCOMMS-15-02779B) Manuscript submitted 2015-07-17 Manuscript under consideration 2015-07-17 Manuscript with reviewers 2015-07-20 Awaiting resubmission 2015-07-24 (NCOMMS-15-02779C) Manuscript submitted 2015-08-03 Manuscript under consideration 2015-08-03 Accepted 2015-08-07 PDF proof available 2015-08-27 Annotated proof sending back 2015-08-29 Published 2015-09-18 5. Reviewer的數目:2 (第一輪共 9 comments, 4 與 5; 第二輪 2 comments, 2 與 0) 6. 心得: 這是博班主要的計畫,主要是定序一種海洋生物的基因體。隨著現在定序 的價錢愈來愈低,基因體的文章也愈來愈不值錢了。最近在 Nat Commun 還 看到一篇定兩種蝴蝶再加做 CRISPR (註1) 的,然後隨隨便便 scaffold N50 (註2) 就跑到 1 Mb 以上,是想逼死誰... 這個計畫從 2012 就開始做了,一開始是用 454 (現在公司已經收起來了), 後來加用 Illumina 的 MiSeq 跟 HiSeq,最後加了一點 PacBio。 除了基因體的數據,我們也用了大量轉錄體,甚至蛋白質體。現在單一基因體 的計畫要發好文章簡直比登天還難了。有些是定了超多不同個體,大概 2011 到 2012 年左右之後是一個分水嶺,比如說: 2013 年 Nat Genet: 兩種烏龜 2013 年 Nature: 三種海洋無脊椎 2014 年 Cell: 89 隻北極熊跟棕熊 2014 年 Science: 20 隻兔子 2014 年 Science: 48 種鳥 (Order genome project 包了鳥所有的目) 2014 年 Nature: 四種絛蟲 2014 年 Nat Commun: 兩種蜘蛛 2015 年 Nat Genet: 三種海洋哺乳類 2015 年 Nat Genet: 69 隻豬 或者是一個基因體加很多不同的轉錄體: 2013 年 Science: 一種櫛水母基因體 + 另外 10 種轉錄體 2014 年 Nature: 一種櫛水母基因體 + 另外 9 種轉錄體 2015 年 Nature: 一種章魚 + 12 個組織的轉錄體 我們一開始也試投 Nature,但是三天就被退回來,建議轉投 Nat Commun。 後來再試試看 Science,更快,兩天就退稿,建議轉投他們的新期刊 Science Advances。這些期刊退稿手腳非常俐落,幾天到一週內就會有結果。 附帶一提,根據投稿流水號,Nature 大概一天收到 50 篇投稿。Nat Commun 大概是每天 70 篇左右。所以有非常大量的稿件基本上編輯自己看個兩下就 下決定了。以 Nat Commun 去年的發文量大約在 3,000 篇來看,每天收到 70 篇文章最後的接受率大約在 15-20%。 投稿完的狀態,Nature 系列雜誌似乎喜歡用 Manuscript under consideration,基本上如果編輯喜歡這篇文章,送審時間會在一週以內。 拿到 Manuscript with reviewers 表示這篇文章最起碼被送外審了。 如果直接拿到 Decision sent to author 就是表示 GG 的意思。看一下 信箱就會看到罐頭拒絕文。 第一次審閱的意見大概一個半月回來,編輯給三個月時間修改。最後文章修 了兩輪,第一輪非常快,10 天意見就回來了,搞定了 reviewer 2 的意見, 表示可以接受。可是 reviewer 1 還不滿意,編輯又給了六週。但是我已經 不想補那些實驗了,會沒完沒了。 所以就補一些分析,然後 cover letter 跟編輯說明一下狀況。最後一輪, 意見 4 天後就回來,reviewr 1 似乎也曉得我們的難處,也覺得我們的說 明很合理,也就接受了。 最後編輯給兩週的時間做一些期刊格式上的修改,另外上傳所有定序資料的 原始讀取數據,我花了一些時間搞清楚怎麼把東西上傳到 NCBI,然後請 NCBI 的人幫忙我們另外做一套基因體的註解 (NCBI 有一套他們的自動流程)。 編輯要求的修正結束後,約 2-3 週的時間拿到 PDF 檔校稿,校稿完約再 三週登出。 距離投稿到登出來,大概七個多月,如果仔細看一下 Nat Commun 的文章, 其實都搞蠻久的,大概平均也要半年的時間吧。感覺是不注重速度比較在乎 品質的期刊。(我有另外一篇小的比這篇要晚投,晚修改,比這篇還早登出來。) 附帶一提,2014 年 10 月以後所有投稿的文章都必須選擇 open access (OA) ,用 Creative Commons (CC) 4.0 License。發表費用是 5,200 美金 約 17 萬台幣。是目前最貴的 OA 費用,不過我想如果文章被接受實驗室應 該很樂意付才是。 以上,一點心得分享。祝大家投稿順利。 註解: 1. 近來很夯的 genome editing 技術,是大腸桿菌用來防禦病毒的免疫系統, 經由人為修改之後可以使用一條 RNA (guide RNA) 跟 cas9 這個蛋白質去 修改 DNA 的序列。 詳細請看發明者 Jennifer Doudna 在 iBiology 的介紹: https://www.youtube.com/watch?v=SuAxDVBt7kQ
2. N50 是基因體片段 (contig 或 scaffold) 從大排到小,加起來,到了一 半基因體大小的那個基因體片段的長度。越長代表組得越好。 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 111.107.60.147 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/PhD/M.1442684562.A.975.html ※ 編輯: biolenz (111.107.60.147), 09/20/2015 02:06:19
jabari: 恭喜...Nat Comm 不錯啊... 09/20 03:52
rssh0106: 唉唉,現在居然要收費@[email protected] 09/20 05:37
Narcissuss: 屌哥耶 居然漲到11點多 09/20 09:56
IPSN: 搞半年再17萬 我老闆肯定起笑... 09/20 11:26
pathobasidio: 恭喜恭喜, OIST 這篇很不錯 09/20 11:51
stephenho: 恭喜,頂級刊物啊!! 09/20 11:56
basel: 很有用的資訊 09/20 12:56
FSGuitar: 17萬我一定謝謝再連絡了... 09/20 13:51
FSGuitar: CRISPR倒是連我這個非生科本科的人都知道 分生學的 09/20 13:52
liuse: N50不是真的越長代表組越好喔.. 但大家都會這覺得啦 09/20 15:03
liuse: BTW 恭喜恭喜... 有考慮要去哪博後了嗎? 09/20 15:03
tainanuser: 恭喜! 09/20 15:32
biolenz: N50 值是 NCBI 判斷基因體組裝品質的參數之一喔。我想樓 09/20 16:33
biolenz: 上說的是轉錄體? 09/20 16:33
biolenz: Assembly quality http://goo.gl/TuS9M0 09/20 16:34
biolenz: 關於博後:本來以為很清楚,但最近有點迷惘。先繼續衝ㄧ 09/20 16:37
biolenz: 下文章再說吧。 09/20 16:37
biolenz: 關於博後的考慮有很多,應該可以再另外寫一篇了。 09/20 16:50
biolenz: 大家給的意見都不一樣。需要時間消化一下。 09/20 16:51
liuse: 喔 對 我忘記你是說genome 對..genome越長越好當然 09/20 17:40
liuse: 學術:去美國... 業界:(我也不知道) 09/20 17:42
fieed: 博後如果有想出國,博後的頭兩年是申請fellowship的黃金時 09/20 18:09
fieed: 期。過了之後就會很辛苦。有興趣的話請參考我之前的文章。 09/20 18:09
KerryWood: 生科領域半年算快啦 09/20 18:21
jayroddick: 恭喜!!! 好文好期刊~ 09/20 22:50
captdavince: 強者學長推 09/21 09:41
etw710: 恭喜 OIST耶! 09/22 00:10
jasonajaw: 恭喜!! 這很花錢耶 不是要負刊出費 要好幾萬.. 09/22 12:59
Octopuster: 推 感謝分享 09/23 08:18
petang: 是 XXXXXXX Genome 嗎?很好的文章 10/07 23:47
修低調一點~ ※ 編輯: biolenz (111.107.60.147), 12/12/2016 01:13:36