推 tingvictor :我以前實驗室老師有用...然後丟一些很難合的結構給我 04/23 20:10
→ sealoe :有點好奇 現在台灣有哪個實驗室還有在做這? 04/23 21:22
※ 引述《penx (...)》之銘言：
: ※ 引述《piimaila (haha)》之銘言：
: 就我之前的經驗，用Gold這個程式(沒記錯應該是GA的演算法)
: 加上SGI-3900 32顆CPU全速作平行運算的話
: 一顆CPU一天大約可以docking一萬個小分子
: 印象中，好像一星期可以做完200萬個分子吧@@
恩, 如果使用優化的Autodock vina, CPU E6700, RAM 4G
一天約有8000~10000左右的水準 我幫忙架過的vHTS cluster
可以到10萬~100萬/day以上 價格也不貴 比起一台SGI應該便宜很多
電腦我出 電我出 網路費我出 使用者只要登入 只要上傳
receptor.pdbqt receptor.conf 選定 ligand_sets(zdd, standard_lead_like..etc)
基本上 就可以取得N個分數最高(自由能最低)的小分子
當然 是蠻好賺的 畢竟別人不用買高檔伺服器 可以說是雙贏
當然 我 發案人 發案人的見笑轉生氣的教授 有段故事 雖然令人感嘆
但是 發案人也畢業了 我也拿到錢了 教授也升等了
看到我寫的電腦規格 也大概知道那是陳年舊事了 我就不太想提了
但是, 我有個疑問 為啥要這麼多小分子(ligand)?
我知道很多人都用ZINC Clean甚至於ZINC Standard
但是 為啥要用這麼多小分子 很多小分子根本不能吃不是?
總不可能病醫好了人死了?
為啥不使用 zdd, tcm等 擺明可以讓人吞下去的資料庫?
這是我一直以來的疑問
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