作者Oranga (橘阿)
看板Python
標題[問題] 讀取巨大影像問題(33GB的圖像)
時間Sat Mar 31 18:23:38 2018
大家好
小弟最近在處理一個醫學的影像，是.mrxs的whole slide image。
就我現在所知，這類型影像的主要開啟軟體為Case Viewer，
但裡頭似乎並沒有切割影像的處理功能。
以致於小弟必須整張slide輸出轉檔成Tiff，礙於解析度不能掉，
整張圖片大小高達33GB... 詳細資訊如下
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BitsPerPixel 8
DimensionOrder XYCZT
IsInterleaved false
IsRGB false
LittleEndian true
PixelType uint8
SizeC 3
SizeT 1
SizeX 91904
SizeY 128512
SizeZ 1
BitsPerSample 8
Compression Uncompressed
FillOrder Pixels with lower column values are stored in the higher order bits
of a byte
ImageLength 128512
ImageWidth 91904
MetaDataPhotometricInterpretation RGB
MetaMorph no
NewSubfileType 0
NumberOfChannels 3
Orientation 1st row - top; 1st column - left
PhotometricInterpretation RGB
PlanarConfiguration Chunky
ResolutionUnit None
SamplesPerPixel 3
TileByteCounts 196608
TileLength 256
TileWidth 256
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想請問有沒有大大知道任何可以處理此類大型圖檔的方法 ((跪謝
不管是用別的軟體先做切割，或是python有辦法讀取部分圖檔也好，
不知道有沒有類似方法> <
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→ goldflower: .load()不會讀全部檔案 有點像(但不是)cursor吧 03/31 20:38
→ goldflower: 我後面reshape那邊在耍白痴... 反正就中間for在切 03/31 20:39
推 ThxThx: 樓上這樣要把圖片全部load進memory... 03/31 20:39
→ ThxThx: 我推薦LargeTIFFTools 03/31 20:40
→ ThxThx: 喔喔不會是嗎！？ 03/31 20:41
推 goldflower: .load()是根據給的i,j去讀pixel 不會全抓 03/31 20:51
→ goldflower: 不過我只有試切一張幾百MB的tif而已@@ 03/31 20:51
→ Oranga: !! 感謝gold大大跟Thx大大 我這就來試~ 晚點稟報結果~ 03/31 22:13
推 goldflower: 好奇所以後來行不行R? 04/02 13:44
→ Oranga: 抱歉~ 後來有其他模組上的問題所以拖了很久 04/04 17:34
→ Oranga: 他還是會整張讀取 所以沒辦法>< 04/04 17:34