iteration growing parallel

[memphis (讓你喜歡這世界~)]

手上有條蛋白質序列, 每個點都會突變, 遇到K, 切下來, 列出所有可能, 舉例如下

A B1 C1 K E F1
  B2 C2 D   F2

#### result ####

A B1 C1 K
A B2 C1 K
A B1 C2 K
A B2 C2 K

A B1 C1 D F1
A B2 C1 D F1
A B1 C2 D F1
A B2 C2 D F1
....      F2
....

#### 問題來了 ####
如果一直遇不到 K, 突變點一多(爬到連續20點, 2000萬種組合, 寫出檔案大小達到2.xG)
一個CPU算到沒完

想把他平行化, 我已把function改成可以 一點叫一次

EX
call:  function(start=1, tmp_prefix="")
out :  A
call:  function(start=2, tmp_prefix="A")
out :  AB1 AB2
call:  function(start=3, tmp_prefix=c("AB1", "AB2"))
out :  AB1C1 AB2C1 AB1C2 AB2C2

由以上可見, 如果n點後來個1000萬的out, 就要卡住了
所以我想100萬就拆開, 讓不同的CPU去算

1.請問大家知不知道一些比較方便的package 可以讓我開cpu, 指定哪個cpu算那些input
2.parallel 那種 cl=socket(n), apply  好像不能讓我指定, 應該是行不通
3.RMPI又太兇狠了...太久沒有寫...連環境都還沒有設定好
4.抱歉沒有sample code 可以跑, 所以大家如果有什麼概念用sudo code 我就很感激了














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→ celestialgod: 建議你用Rcpp加速吧，平行效果有限
→ celestialgod: 這個組合不是可以直接用expand.grid做嗎？
→ celestialgod: 你把有K以後的做截斷不行嗎？
→ memphis: as.vector(outer(c("B1","B2"),c("C1","C2"),paste0))
→ memphis: 各種組合出來後, 有K結尾的輸出, 沒有的繼續下一輪
→ celestialgod: outer一次只能做兩兩組合...
→ celestialgod: 會慢不是沒有原因